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解决crontab 中conda: command not found

2023-05-16

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问题

解决办法

1、查询conda的路径，然后在运行脚本中指定conda命令的路径（失败）

2、搜索网上的解决办法，在crontab -e 文件中加入 conda 的安装路径

3、放弃使用conda activate命令

如果有大神有其他办法解决了这个问题，可以分享下，非常感谢！

问题

最近在跑任务，因为时间比较赶，一些任务都是凌晨完成，为了充分利用算力资源，所以采用了定时器运行脚本，让服务器持续工作，提高工作效率。

 

之前我的机器在脚本中运行conda activate xxx 是没有问题，不知道为啥在另一个机器，死活无法使用这个命令，所以无法使用我指定环境来运行代码，导致缺包无法正常运行代码。

 

解决办法

 

1、查询conda的路径，然后在运行脚本中指定conda命令的路径（失败）

使用命令 export |grep conda 然后看下 conda_exe字段的值就是conda 所在路径了

 

在脚本中，conda加入绝对路径

/home/yourUser/anaconda3/bin/conda activate base

出现下面的错误日志

CommandNotFoundError: Your shell has not been properly configured to use 'conda activate'.
To initialize your shell, run

    $ conda init <SHELL_NAME>

Currently supported shells are:
  - bash
  - fish
  - tcsh
  - xonsh
  - zsh
  - powershell

See 'conda init --help' for more information and options.

IMPORTANT: You may need to close and restart your shell after running 'conda init'.

 

 

2、搜索网上的解决办法，在crontab -e 文件中加入 conda 的安装路径

（我的没有成功，大家可以试下，应该是可以的，只是我不是在crontab中运行Python 我通过一个.sh 文件来运行Python,所以这种方法可能不太适合我）

 PATH=/usr/bin:/bin:/home/ihavc01/anaconda3/condabin:/usr/local/cuda/bin:

然后

SHELL=/bin/bash
PATH=/usr/bin:/bin:/home/username/anaconda3/bin
# m h  dom mon dow   command
29 16 27 5 * source activate env-name; cd /usr/test; nohup python xxx.py &

3、放弃使用conda activate命令

直接找到需要的python环境所在的路径（方法在第一点提及），这个路径一般也是在你的conda命令所在目录中，除了base环境是在 /home/yourUser/anaconda3/bin/ 中，其他环境都是在/home/yourUser/anaconda3/envs/ 中

所以我最后的脚本是改成，python 直接加上其所在路径，因为我的是base环境所以python在../bin/ 中，如果你不是base环境应该是/home/yourUser/anaconda3/envs/xxx（你的环境名称 conda env list中的名称）/pythonxx（你的python版本） 

nohup /home/xxxxx/anaconda3/bin/python3.7   train.py &

 

这个办法完美绕开了这个问题！

 

如果有大神有其他办法解决了这个问题，可以分享下，非常感谢！

 

如果该文章对你有帮助请给我一键三连！ 原创不容易，浪费了一个晚上的时间在解决这个问题，请大家多多支持！非常感谢！

 

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crontab

conda

command

not

found

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