RNA-seq流程学习笔记（3）-Linux系统中安装miniconda、设置清华镜像源、安装RNA-seq相关软件、删除环境

2023-05-16

主要参考文章：
Anaconda介绍、安装及使用教程
conda的安装与使用（2019-6-28更新）
conda常用命令
用conda安装RNA-seq所需要的工具
RNA-seq基础入门传送门
Anaconda查看、删除、增加channel
Anaconda查找源及配置清华镜像
Miniconda官网

今天开始在服务器上开了一个用户名，所以要重新弄一下所有设置，就从使用Conda开始记录一下，方便以后再搬家时自己查找学习。登录服务器使用的是MobaXterm软件，因此是在Windows环境下通过该软件进入Linux的服务器，很多操作比自己之前用的虚拟机更方便，但可能不是完全的Linux系统，不知道对自己的学习是否有影响，但是写记录更方便了。

1. Conda和Anaconda的介绍

直接参考这两篇文章的介绍，很详细，不用多说了。
Anaconda介绍、安装及使用教程
conda的安装与使用（2019-6-28更新）
自己之前使用Anaconda软件，现在决定从Conda开始学习，方便以后自己空间有限时节约空间。

2. Conda的下载与安装

使用wget从官网下载：

zexing@DNA:~/Software$ wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
--2020-05-22 19:38:45--  https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
Resolving repo.anaconda.com (repo.anaconda.com)... 2606:4700::6810:8303, 2606:4700::6810:8203, 104.16.130.3, ...
Connecting to repo.anaconda.com (repo.anaconda.com)|2606:4700::6810:8303|:443... connected.
HTTP request sent, awaiting response... 200 OK
Length: 85055499 (81M) [application/x-sh]
Saving to: ‘Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh’

zexing@DNA:~/Software$ wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
--2020-05-22 19:44:02--  https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
Resolving repo.anaconda.com (repo.anaconda.com)... 2606:4700::6810:8303, 2606:4700::6810:8203, 104.16.131.3, ...
Connecting to repo.anaconda.com (repo.anaconda.com)|2606:4700::6810:8303|:443... connected.
HTTP request sent, awaiting response... 200 OK
Length: 48243240 (46M) [application/x-sh]
Saving to: ‘Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh’

使用bash安装

zexing@DNA:~/Software$ bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

Welcome to Miniconda3 4.8.2

In order to continue the installation process, please review the license
agreement.
Please, press ENTER to continue
>>>
#一直按ENTER，然后是yes
#安装路径按照参考文章说明，不做任何更改
#对MiniConda3的设置我选择了yes
Do you wish the installer to initialize Miniconda3
by running conda init? [yes|no]
[no] >>> yes
#出现下面提示，说明安装完成
Thank you for installing Miniconda3!

刷新环境变量
软件安装完成后需要刷新环境变量才能启动，我自己选择输入命令 source ~/.bashrc
Linux系统添加环境变量的方法

zexing@DNA:~/Software$ source ~/.bashrc
(base) zexing@DNA:~/Software$
#上面的base应该是MiniConda3的基础环境，说明该程序已经启动了

验证安装结果，采用任意方法：
使用conda command，如conda list查看安装的包和环境，看看命令是否调用；
输入python命令启动Python交互界面，输入exit（）或者quit（）或者Ctrl+D退出；

3. 设置清华源镜像

参考文章：Anaconda学习笔记-Anaconda 设置清华镜像源

(base) zexing@DESKTOP-H0I11L9:~$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
(base) zexing@DESKTOP-H0I11L9:~$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ 
(base) zexing@DESKTOP-H0I11L9:~$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r   
(base) zexing@DESKTOP-H0I11L9:~$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/pro 
(base) zexing@DESKTOP-H0I11L9:~$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/ 
(base) zexing@DESKTOP-H0I11L9:~$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

4. 更新conda至最新版本

$: conda update conda  # 仅升级conda
$: conda update --all     # 升级conda安装的所有软件？

5. 建立新环境

#建立新环境
$: conda create -n Name
#可以查看对应的参数
#激活对应的环境
$: conda activate Name
(Name)$:
#激活环境后会在提示符前出现环境的名字

6. 安装软件

可以通过网站Conda available packages，事先查看需要安装的软件依赖的python版本。

使用conda install fastqc命令来安装FastQC

(base) zexing@DNA:~/Software$ conda install -y fastqc
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: done
## Package Plan ##
  environment location: /f/xudonglab/zexing/miniconda3
  added / updated specs:
    - fastqc
The following packages will be downloaded:
#省略，显示FastQC软件及一些相关的包需要升级、下载、安装成功。

使用conda install -y hisat2 命令来安装Hisat2

(base) zexing@DNA:~$ conda install -y hisat2
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: done
## Package Plan ##
# 省略，显示Hisat2软件及一些相关的包需要升级、下载、安装成功。

使用conda install -y stringtie 命令来安装StringTie

(base) zexing@DNA:~$ conda install -y stringtie
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: done
## Package Plan ##
#省略，显示StringTie软件及一些相关的包需要升级、下载、安装成功。

使用conda install -y samtools命令来安装samtools

(base) zexing@DNA:~$ conda install -y samtools
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: done
## Package Plan ##
#省略，显示samtools软件及一些相关的包需要升级、下载、安装成功。

使用conda install -y rseqc命令来安装RSeQC

(base) zexing@DNA:~$ conda install -y rseqc
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: done
## Package Plan ##
#省略，显示RSeQC软件及一些相关的包需要升级、下载、安装成功。

使用conda install -y htseq命令来安装Htseq-count

(base) zexing@DNA:~$ conda install -y htseq
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: done
## Package Plan ##
#省略，显示htseq-count软件及一些相关的包需要升级、下载、安装成功。

安装某一版本的软件
如安装1.2.1版本的bioconductor-genomeinfodbdata

#首先使用conda search查找各版本：
(R4.0) zexing@DNA:~$ conda search bioconductor-genomeinfodbdata
Loading channels: done
# Name                       Version           Build  Channel
bioconductor-genomeinfodbdata          0.99.0               1  anaconda/cloud/bioconda
bioconductor-genomeinfodbdata          0.99.0        r3.3.1_0  anaconda/cloud/bioconda
bioconductor-genomeinfodbdata          0.99.0        r3.3.2_0  anaconda/cloud/bioconda
bioconductor-genomeinfodbdata          0.99.0        r3.4.1_0  anaconda/cloud/bioconda
bioconductor-genomeinfodbdata           1.0.0        r3.4.1_0  anaconda/cloud/bioconda
bioconductor-genomeinfodbdata           1.0.0        r3.4.1_1  anaconda/cloud/bioconda
bioconductor-genomeinfodbdata           1.1.0          r341_0  anaconda/cloud/bioconda
bioconductor-genomeinfodbdata           1.1.0          r351_0  anaconda/cloud/bioconda
bioconductor-genomeinfodbdata           1.2.0          r351_0  anaconda/cloud/bioconda
bioconductor-genomeinfodbdata           1.2.1          r351_0  anaconda/cloud/bioconda
bioconductor-genomeinfodbdata           1.2.1           r36_1  anaconda/cloud/bioconda
bioconductor-genomeinfodbdata           1.2.2           r36_0  anaconda/cloud/bioconda
bioconductor-genomeinfodbdata           1.2.3           r40_0  anaconda/cloud/bioconda
#指定版本号进行安装：
(R4.0) zexing@DNA:~$ conda install bioconductor-genomeinfodbdata=1.2.1
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: done
## Package Plan ##
#省略。。。。

7. 删除环境

比如我的conda里面有一个base环境，一个R4.0环境，现在想把R4.0环境及其相关的包删除。

#想删除某一个包，如pcre2，使用conda remove pcre2
(R4.0) zexing@DNA:~$ conda remove pcre2
Collecting package metadata (repodata.json): done
Solving environment: done
## Package Plan ##
#省略。。。。

#在该环境下没办法把所有包删掉
(R4.0) zexing@DNA:~$ conda remove --all
CondaEnvironmentError: cannot remove current environment. deactivate and run conda remove again
#首先需要把环境关掉
(R4.0) zexing@DNA:~$ conda deactivate
#在base环境下利用conda remove -n 命令将R4.0环境下的包全部删除
(base) zexing@DNA:~$ conda remove -n R4.0 --all
Remove all packages in environment /f/xudonglab/zexing/miniconda3/envs/R4.0:
## Package Plan ##
  environment location: /f/xudonglab/zexing/miniconda3/envs/R4.0
The following packages will be REMOVED:

8.待学习方法

如何用conda安装软件|处理conda安装工具的动态库问题
RNAseq (1) 生信分析软件安装—conda的安装与使用

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