100+医学影像数据集集锦
linhandev
于 2021-11-06 18:41:38 发布
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文章标签： 深度学习 计算机视觉 python 图像处理 机器学习
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医学影像数据集集锦
前言
本项目的目标是整理一个医学影像方向数据集的列表，提供每个数据集的基本信息，并对其中License允许的提供不限速下载。项目按照数据集关注的器官对其进行分类。需要整理的数据集很多，我们十分期待大佬们为项目作出贡献。
如果您发现项目已有的内容中有任何错误（包括但不限于md格式问题，网址失效，数据错误，简介信息补充等），可以通过Pull/Request进行修正。
如果您想用的数据集没有出现在列表中，请按照模板提交Issue，并尽量详细地描述数据集信息。我们会尽快添加，若License允许可以免费代下。
当前共收录约 20 个方向的 100+ 个数据集
PS:平时不看CSDN消息，任何问题烦请提个Issue或在我的博客文章下方评论。
转载请联系项目维护者:me@linhan.email
目录
肝脏
LiTS
Sliver07
3D-IRCADB
CHAOS
TCGA-LIHC
MSD肝脏血管分割
肺
MSD肺癌分割
LoLa11肺叶分割
StructSeg2019
肺部多病智能诊断
CheXpert
NIHChest Xray
QIN Lung CT
4D-Lung
NSCLC-Radiomics
vessel12 肺部血管分割
肺结核
Shenzhen Hospital X-ray Set
Montgomery County X-ray Set
肺炎
Ieee8023
covid19-ct-scans
COVID-CT
Figure1-COVID-chestxray-dataset
RSNA肺炎检测
CovidX
Flyai Covid
covid19-radiography-database
COVID-19-AR
CT Images in COVID-19
肺结节
LIDC-IDRI
LUNA16
天池肺部结节
LNDB
Lung Nodule Malignancy
Data Science Bowl 17
Lung-PET-CT-Dx
气胸
SIIM-ACR Pneumothorax Segmentation
胸
CBIS-DDSM
QIN Breast
Rider Breast MRI
ACRIN 6688
BraTS2015
脑
MSD脑瘤分割
MSD海马体分割
Iseg2019
ABIDE
ADNI
CQ500
脑出血
RSNA Intracranial Hemorrhage Detection
肾脏
Kits19
肠
CT COLONOGRAPHY
MSD肠道分割数据集
心脏
EchoNet
MMWHS
MSD心脏分割
主动脉
冠状动脉分割
眼睛
DRIVE
ODIR-5k
FIRE 视网膜图像数据
STARE
CHASE_DB1
IDRiD
细胞
Data Science Bowl 18
血细胞涂片分类
ISBI细胞跟踪
骨骼
MURA-1.1
RSNA Bone Age
磁共振图像脊柱结构多类别三维自动分割
膝盖
MRNet
脊椎
Verse大规模脊椎分割数据集
前列腺
PANDA
MSD前列腺分割
QIN-PROSTATE-Repeatability
胰腺
MSD胰腺分割
PDMR-833975-119-R
皮肤
SIIM-ISIC Melanoma Classification
VQA
PathVQA
内窥镜
SARAS-MESAD
SARAS-MESAD
医学影像数据库
参考项目/列表
贡献者
Release Note
肝脏
LiTS
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式 License
LiTS 肝脏/肝脏肿瘤 分割 CT 131+70 0/1标签 nii CC 4.0
LiTS数据集包含131套训练扫描和70组测试数据，其中70组测试数据标签不公开。LiTS训练集中包含3DIRCADB中的所有数据，所以如果合并多个数据集不要合并这两个。Medical Segmentation Decathlon中肝脏分割的数据集就是LiTS。
分割结果可以在线提交进行评估，在线提交方法参考。 在线提交地址
数据集论文：The Liver Tumor Segmentation Benchmark (LiTS)
相关项目： 基于Paddle的肝脏CT影像分割
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Sliver07
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式 License
Sliver07 肝脏 分割 CT 20+10 0/1标签 MetaImage Other
这个数据集比较老了，现在用的也比较少，一些研究会将sliver和lits合起来，这样基本上就是所有常用的关于肝脏分割的公开数据了。mhd格式可以用 SimpleITK 读，在medseg项目中有转换成nii的脚本
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3D-IRCADB
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式 License
3D-IRCADb 01 02 肝脏/肝肿瘤 分割 CT 20+2 surface mesh dcm CC
3D-IRCADb是比较早的一个数据集，有两个子集，分别包含20组和2组CT片子。
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CHAOS
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式 License
CHAOS 肝/肾/脾 分割 CT+MRI 40CT+120MRI 0/1标签 dcm CC 4.0
CHAOS是一个多脏器，多模态分割数据集。
[外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传(img-ML21YiIl-1636195013833)(https://raw.githubusercontent.com/linhandev/dataset/main/static/chaos.png)]
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TCGA-LIHC
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式 License
TCGA-LIHC 肝 CT/MR/PT 97患者/237套 无标签 dcm Other
[外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传(img-Sr35CLBK-1636195013837)(https://raw.githubusercontent.com/linhandev/dataset/main/static/tcga-lihc.jpg)]
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MSD肝脏血管分割
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式 License
MSD肝脏血管分割 肝脏血管 分割 CT 443 0/1 nii CC-BY-SA 4.0
[外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传(img-nNojbcKa-1636195013847)(https://raw.githubusercontent.com/linhandev/dataset/main/static/Hepatic-Vessels.png)]
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肺
MSD肺癌分割
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式 License
MSD肺癌分割 肺脏 分割 CT 96 0/1 nii CC-BY-SA 4.0
[外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传(img-yn7hWlPm-1636195013850)(https://raw.githubusercontent.com/linhandev/dataset/main/static/Lung-Tumours.png)]
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LoLa11肺叶分割
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式 License
LoLa11 None 分割 CT 55 None Metaimage Other
lola11
LoLa11 包含55套CT数据，未发现任何公开标注信息
zenodo下载
StructSeg2019
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式
StructSeg2019
structseg2019
肺部多病智能诊断
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式
肺部多病智能诊断 CT
CheXpert
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式 License
CheXpert Other
[外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传(img-duTwLsh1-1636195013855)(https://raw.githubusercontent.com/linhandev/dataset/main/static/chest-x-pert.png)]
介绍论文： CheXpert: A Large Chest Radiograph Dataset with Uncertainty Labels and Expert Comparison
相关项目
NIHChest Xray
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式 License
NIHChest Xray 14种肺部疾病/部分病灶位置 分类/检测 CXR 112,120 csv png CC0: Public Domain
[外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传(img-yZ51mSFM-1636195013856)(https://raw.githubusercontent.com/linhandev/dataset/main/static/nih-chest-xray.png)]
介绍论文： ChestX-ray8: Hospital-scale Chest X-ray Database and Benchmarks on Weakly-Supervised Classification and Localization of Common Thorax Diseases
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QIN Lung CT
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式 License
QIN Lung CT 非小細胞癌 CT 47 dcm Other
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4D-Lung
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式 License
4D-Lung 非小細胞癌 CT 20 dcm Other
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NSCLC-Radiomics
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式
NSCLC-Radiomics 非小细胞癌 分割 CT 422 dcm
[外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传(img-GcJ6ahL0-1636195013857)(https://raw.githubusercontent.com/linhandev/dataset/main/static/NSCLC-Radiomics.png)]
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vessel12 肺部血管分割
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式 License
vessel12 肺部血管分割 肺部血管 分割 CT 20 raw
[外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传(img-AB33diWL-1636195013858)(https://grand-challenge-public-prod.s3.amazonaws.com/b/1/header.x15.jpeg)]
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肺结核
Shenzhen Hospital X-ray Set
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式
Shenzhen Hospital X-ray Set 肺结核/正常 分类 CXR 662 类别 图片
深圳第三医院收集的肺结核胸透数据集，包含326张正常扫描和336张不正常的扫描。
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Montgomery County X-ray Set
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式
Montgomery County X-ray Set 肺结核/正常 分类 CXR 138 类别 图片
蒙哥马利市收集的肺结核胸透数据集，包含80张正常的扫描和58张不正常的扫描。
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肺炎
Ieee8023
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式
Ieee8023 肺脏 分类 CT 20 nii
持续搜集公开的新冠CT扫描，目前有20个病例。
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covid19-ct-scans
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式
covid19-ct-scans 左右肺/新冠感染 分割 CT 20 nii
数据来自Ieee8023，对20组扫描进行了左右肺和感染区的标注。基于这个数据集和另外几个数据集，大佬们做了一个新冠分割的 benchmark
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COVID-CT
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式
COVID-CT 分类 CT 349 图片
包含216名新冠患者的349张胸部CT图片，从相关paper中收集。
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Figure1-COVID-chestxray-dataset
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式
Figure1-COVID-chestxray-dataset 分类 CXR 48 图片
DarwinAI收集的一些新冠CT的图片，是CovidX数据集的一部分。持续更新，使用前可以先pull。
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RSNA肺炎检测
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式
RSNA肺炎检测 之否肺炎/肺炎区域BB 分类/检测 CXR 26684+3000 图片
RSNA是北美放射学会在Kaggle上组织的一个比赛数据集，数据来自NIH。包含26684张训练数据，有图片的分类和肺炎区域的边界框。
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CovidX
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式
CovidX 新冠/其他肺炎/正常 分类 CT 13569+231 图片
CovidX数据集是DarwinAI训练CovidNet做的一个数据集，本身没有新的数据，是Ieee8023，Figure1和RSNA组合成的一个数据集。
Flyai Covid
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式
Flyai Covid
Flyai举办的一个新冠分类比赛。
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covid19-radiography-database
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式
covid19-radiography-database 新冠/其他肺炎/正常 分类 CT 219+1314+1345 图片
跟CovidX一样是一个组合数据集，数据来自论文图片和RSNA。
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COVID-19-AR
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式
COVID-19-AR dcm
Chest Imaging with Clinical and Genomic Correlates Representing a Rural COVID-19 Positive Population (COVID-19-AR)
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CT Images in COVID-19
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式
CT Images in COVID-19 无标签 分类/分割 CT 650 无 nii
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肺结节
LIDC-IDRI
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式
LIDC-IDRI 肺部肿瘤 目标检测 CT 1012 xls dcm
介绍论文： The Lung Image Database Consortium (LIDC) and Image Database Resource Initiative (IDRI): A Completed Reference Database of Lung Nodules on CT Scans
The public cancer radiology imaging collections of The Cancer Imaging Archive
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LUNA16
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式
LUNA16
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天池肺部结节
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式 License
天池肺部结节 肺部结节 检测 低剂量肺部CT 1000(初赛) + 2000(复赛) 位置+直径 mhd Custom
LNDB
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式
LNDB 直径大于3mm的肿瘤分割标注/小于3mm肿瘤和非肿瘤标记中心 分割/分类 CT 294 XML MetaImage
介绍论文： LNDb: A Lung Nodule Database on Computed Tomography
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Lung Nodule Malignancy
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式
Lung Nodule Malignancy 肺结界良恶性 分类 CT 4165+2526 tif
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Data Science Bowl 17
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式
Data Science Bowl 17
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Lung-PET-CT-Dx
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式
Lung-PET-CT-Dx 肺癌 目标检测 CT 363 xml dcm
[外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传(img-tRU10Ywx-1636195013860)(https://raw.githubusercontent.com/linhandev/dataset/main/static/Lung-PET-CT-Dx.png)]
气胸
SIIM-ACR Pneumothorax Segmentation
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式
SIIM-ACR Pneumothorax Segmentation
胸
CBIS-DDSM
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式
CBIS-DDSM 正常/良性/恶性 分类 CT 2620
介绍论文： Deep Learning to Improve Breast Cancer Early Detection on Screening Mammography A curated mammography data set for use in computer-aided detection and diagnosis research
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QIN Breast
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式
QIN Breast 0102 MRI 67
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Rider Breast MRI
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式
Rider Breast MRI MRI
ACRIN 6688
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式
ACRIN 6688 CT 83
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BraTS2013
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式
BraTS2013
BraTS2015
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式
BraTS2015
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BraTS2021
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式
BraTS2015
脑
MSD脑瘤分割
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式 License
MSD Brain Tumor Segmentation 胶质瘤/肿瘤/水肿 分割 MRI 484 Train + 266 Test 0/1 nii CC-BY-SA 4.0
msd-brain
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MSD海马体分割
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式 License
MSD Hippocampus Segmentation 海马体 分割 MRI 394 0/1 nii CC-BY-SA 4.0
[外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传(img-d4tph43w-1636195013862)(https://raw.githubusercontent.com/linhandev/dataset/main/static/msd-hippocampus.png)]
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Iseg2019
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式
Iseg2019
ABIDE
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式
ABIDE 是否有自闭症 分类 MRI 539+573
自闭症患者的头部MRI扫描，包含539例自闭症患者和573个正常扫描对照组。 介绍论文： The autism brain imaging data exchange: towards a large-scale evaluation of the intrinsic brain architecture in autism.
下载地址
ADNI
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式
ADNI
介绍论文： Alzheimer’s Disease Neuroimaging Initiative (ADNI)
CQ500
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式 License
CQ500 分割 CT 491组扫描 by-nc-sa 4.0
介绍论文:Development and Validation of Deep Learning Algorithms for Detection of Critical Findings in Head CT Scans
脑出血
RSNA Intracranial Hemorrhage Detection
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式
RSNA Intracranial Hemorrhage Detection CT
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肾脏
Kits19
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式 License
Kits19 肾脏/肾肿瘤 分割
[外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传(img-AE35434R-1636195013863)(https://raw.githubusercontent.com/linhandev/dataset/main/static/kits19.png)]
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肠
CT COLONOGRAPHY
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式
CT COLONOGRAPHY CT
包含没有结肠息肉，有6-9mm息肉和大于10mm息肉的数据。
MSD肠道分割数据集
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式 License
MSD肠道分割数据集 结肠癌原发病灶 分割 CT 126训练+64测试 CC-BY-SA 4.0
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心脏
EchoNet
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式
EchoNet 心脏 分割 MRI 10300 0/1
介绍论文： EchoNet-Dynamic: a Large New Cardiac Motion Video Data Resource for Medical Machine Learning
MMWHS
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式
MMWHS 心脏 分割 CT / MRI 20CT、20MRI 类别 nii
mmwhs是心脏分割数据集，共有8类，MRI和CT两种模态 相关项目： Hybrid Loss Guided Convolutional Networks for Whole Heart Parsing
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MSD心脏分割
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式 License
MSD心脏分割 左心房 分割 MRI 20(训练)+10(测试) CC-BY-SA 4.0
[外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传(img-dV0EDM1c-1636195013864)(https://raw.githubusercontent.com/linhandev/dataset/main/static/mds-cardiac.png)]
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主动脉
冠状动脉分割
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式 License
Automated Segmentation of Coronary Arteries 冠状动脉 分割 CTA 40+20 Custom
Grand Challenge下载
眼睛
DRIVE
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式
DRIVE 眼底血管 分割 眼底照片 40 0/1 图片
DRIVE数据集是一个糖尿病病人眼底血管分割数据集。
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ODIR-5k
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式
ODIR-5k 正常和7种疾病 分类 眼底彩色照片 5000 图片
ODIR-5K包括5000名患者的年龄，双眼的彩色眼底照片和医生的诊断关键词。该数据集是上工医疗技术有限公司从中国不同医院/医疗中心收集的“真实”患者信息。在这些机构中，眼底图像由市场上的各种相机捕获，例如Canon，Zeiss和Kowa，因此导致各种各样的图像分辨率。病人的识别信息会被移除。注释由经过培训的人类读者进行标记，并具有质量控制管理。患者分为8个标签，包括正常（N），糖尿病（D），青光眼（G），白内障（C），AMD（A），高血压（H），近视（M）和其他疾病/异常（O）。
FIRE 视网膜图像数据
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式
FIRE 视网膜图像数据 分类 视网膜图像 129
FIRE 是一个视网膜眼底图像数据集，包含 129张 眼底视网膜图像，由不同特征组合成 134对 图像组合。这些图像组合根据特质被划分为3类。眼底图像由 Nidek AFC-210 眼底照相机采集，分辨率为2912x2912，视觉仰角为40度。图像由 Papageorgiou Hospital 医院和Aristotle University of Thessaloniki大学共同构建，由于Thessaloniki 大学采集自39名患者。. 数据包括以下几部分内容： 1.成对的视网膜图像。 2.彩色ROI掩模（作为二值图像）。 3.特征ROI掩模（作为二值图像）。 4.每个图像对应的标注点。
STARE
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式 License
STARE 眼底血管 分割 眼底照片 400 照片 照片 无
[外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传(img-3emF09zR-1636195013865)(https://raw.githubusercontent.com/linhandev/dataset/main/static/stare.png)]
STructured Analysis of the Retina数据集包含400张眼底照片，作者团队对这些数据进行了多种诊断，并对部分数据的血管进行了标注
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CHASE_DB1
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式 License
CHASE_DB1 眼底血管 分割 眼底照片 28 png png 无
[外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传(img-rnj8gUF3-1636195013868)(https://raw.githubusercontent.com/linhandev/dataset/main/static/CHASE_DB1.png)]
Kinston大学公开的一个小规模眼底分割数据集，包含28张眼底照片及对应的分割标签。
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IDRiD
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式 License
IDRiD 常见DR病灶、视盘、DR病变等级等 分类、检测、分割 眼底照片 * tif/csv jpg CC BY 4.0
Indian Diabetic Retinopathy Image Dataset (IDRiD)
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前列腺
PANDA
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式
PANDA 前列腺癌分级 镜检图片 10616张镜检 分类 tiff
MSD前列腺分割
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式 License
MSD前列腺分割 前列腺中央腺体及外周区域 分割 多模态核磁 32(训练)+16(测试) CC-BY-SA 4.0
[外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传(img-Ms3lKxSd-1636195013869)(https://raw.githubusercontent.com/linhandev/dataset/main/static/msd-prostate.png)]
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QIN-PROSTATE-Repeatability
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式
QIN-PROSTATE-Repeatability 前列腺癌 MRI 15 dcm
[外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传(img-RgLpxujA-1636195013869)(https://raw.githubusercontent.com/linhandev/dataset/main/static/QIN-Prostate-Repeatability.png)]
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胰腺
MSD胰腺分割
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式 License
MSD胰腺分割 胰腺肿瘤 分割 CT 282(训练)+139(验证) 0/1 nii CC-BY-SA 4.0
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PDMR-833975-119-R
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式
PDMR-833975-119-R 胰腺癌 MRI 20 dcm
[外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传(img-SK6zWGbV-1636195013871)(https://raw.githubusercontent.com/linhandev/dataset/main/static/PDMR-833975-119-R.png)]
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皮肤
SIIM-ISIC Melanoma Classification
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式
SIIM-ISIC Melanoma Classification 皮肤癌病变类别 分类 皮肤镜 88.3K张图片 类别 dicom
目前最大的皮肤镜图像集合，用来在皮肤病变图像中之别黑色素瘤，图片以DICOM格式提供，同时包含图像元数据，有的图像也以JPEG和TFRecord格式提供，TFRecords格式的图像已被调整为统一的1024x1024
细胞
Data Science Bowl 18
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式
Data Science Bowl 18 细胞核 分割 841张/37333个细胞核 0/1 图片
细胞核分割数据集
介绍论文： Nucleus segmentation across imaging experiments: the 2018 Data Science Bowl
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血细胞涂片分类
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式
血细胞涂片分类 四种血细胞类型 分类 镜检 12500 - 图片
血细胞分类数据集包含12500张四种血细胞的照片。图片是从大的血细胞涂片照片上截下来的，数据集经过增广。图片都很小，训练时注意IO瓶颈。
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ISBI细胞跟踪
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式
ISBI细胞跟踪 细胞像素级别位置 跟踪 镜检 图片
在镜检视频中像素级跟踪细胞位置
Aistudio下载 2D+Time Datasets
骨骼
MURA-1.1
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式
MURA-1.1 正常/非正常 分类 x-ray 40561
介绍论文： MURA: Large Dataset for Abnormality Detection in Musculoskeletal Radiographs
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RSNA Bone Age
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式
RSNA Bone Age
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磁共振图像脊柱结构多类别三维自动分割
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式 License
磁共振图像脊柱结构多类别三维自动分割 椎骨和椎间盘 分割 MRI T2WI 172 0/1 nii Custom
[外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传(img-3pZkdKbs-1636195013872)(https://raw.githubusercontent.com/linhandev/dataset/main/static/spine-mri.png)]
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膝盖
MRNet
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式
MRNet
Aistudio下载
脊椎
Verse大规模脊椎分割数据集
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式 License
VerSe 脊椎 分割 CC BY-SA 4.0
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VQA
PathVQA
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式
PathVQA 图片 4998图片/32799问答 图片
介绍论文： PathVQA: 30000+ Questions for Medical Visual Question Answering
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内窥镜
SARAS-MESAD
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式 License
SARAS-MESAD 24种动作 静态背景动作识别 内窥镜 4(真实手术)+5(模拟手术) CC BY-NC-SA 4.0
[外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传(img-7YA4mKXc-1636195013873)(https://raw.githubusercontent.com/linhandev/dataset/main/static/saras-mesad.png)]
SARAS-MESAD
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式 License
SARAS-ESAD 21种手术动作 静态背景动作识别 内窥镜 22,601(训练)+4,574(测试) 图片 BB CC BY-NC-SA
[外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传(img-fo2gnOEU-1636195013874)(https://raw.githubusercontent.com/linhandev/dataset/main/static/SARAS-ESAD.png)]
数字病理
CAMELYON
名称 标注内容 类型 模态 数量 标签格式 文件格式 License
CAMELYON16，17 镜检 图片 BB CC0
[外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传(img-ZZtyJzLP-1636195013875)(https://grand-challenge-public-prod.s3.amazonaws.com/b/80/camelyon17_header.x15.jpeg)]
交流群
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医学影像数据库
TCIA:The Cancer Imaging Archive
MedPix 包含超过12000名患者和59000张影像
Belarus tuberculosis portal 包含结核病人的CT，胸透和检验数据
Grand Challenges
LONI 神经相关医学影像
参考项目/列表
医学影像分割挑战
胸部\肺部ct数据集
adalca
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Stanford ML Group
omic tools
各领域公开数据集
medical-imaging-datasets
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Medical Image Datasets Download Links
HAM10000 dataset
Dermatology Image Classification
havard
usc
burkely
isdis
radiopedia
aimi
贡献者
（按照首次贡献时间排序）
多语言代码生成器 Mail : linhandev@qq.com
自尊心3
底迪
ChenchenHu007
lixinhui541
吖吖查
parap1uie-s
Jianpeng Zhao
Release Note
2021/5/21
开始添加数据集图片，接受多次外部贡献，对存量数据集进行合规检查，数据集总量达到71
2020/11/20
添加Issue模板，鼓励外部贡献，数据集数量达到67
2020/11/8
在Github发布，整理格式，添加多个数据集
2020/6/11
添加LIDC-IDIR，编写数据压缩脚本
2020/6/4
添加MMWHS心脏分割数据集，SIIM皮肤病分类比赛数据集
2020/5/27
添加ISBI细胞分割，TCGA-LIHC肝脏，4D-Lung肺部数据集，围绕乳腺癌添加一系列数据集
2020/5/20
项目添加数据集计数和release note，数据集方面添加 RSNA骨龄，PathVQA，FIRE视网膜，DDSM乳腺癌等数据集
2020/5/13
项目在Aistudio公开，包含约40个数据集
