要是有gdc-client软件下载数据,需要以下三步才能完成:
1、GDC筛选检索下载需要数据的Manifest文件
TCGA改版后,下载方式变得大为不同,数据都整合在GDC(Genomic Data Commons)的DATA PORTAL中,网址:https://portal.gdc.cancer.gov/
建议大家先从Exploration页面筛选数据再到Repository页面筛选,最后下载Manifest文件,这里以乳腺癌表达数据Manifest文件下载为例给大家说明:
1)Exploration:在页面右边勾选自己想要的数据,然后点击 view Files in Repository,跳转到Repository页面进一步筛选.
2)Repository:在页面选项卡选择自己需要的数据,然后点击Manifest下载: