EISeg——应用于语义分割的自动标注软件

2023-11-10

1、基本介绍

EISeg(Efficient Interactive Segmentation)是以RITMEdgeFlow算法为基础,基于飞桨开发的一个高效智能的交互式分割标注软件。涵盖了通用、人像、遥感、医疗等不同方向的高质量交互式分割模型,方便开发者快速实现语义及实例标签的标注,降低标注成本。 另外,将EISeg获取到的标注应用到PaddleSeg提供的其他分割模型进行训练,便可得到定制化场景的高精度模型,打通分割任务从数据标注到模型训练及预测的全流程。

1.1 模型准备

在使用EIseg前,请先下载模型参数。EISeg 0.5.0版本开放了在COCO+LVIS、大规模人像数据、mapping_challenge,Chest X-Ray,MRSpineSeg,LiTS及百度自建质检数据集上训练的7个垂类方向模型,满足通用场景、人像场景、建筑物标注,医疗影像肝脏,胸腔,椎骨及铝板质检的标注需求。其中模型结构对应EISeg交互工具中的网络选择模块,用户需要根据自己的场景需求选择不同的网络结构和加载参数。

模型类型 适用场景 模型结构 模型下载地址
高精度模型 通用场景的图像标注 HRNet18_OCR64 static_hrnet18_ocr64_cocolvis
轻量化模型 通用场景的图像标注 HRNet18s_OCR48 static_hrnet18s_ocr48_cocolvis
高精度模型 通用图像标注场景 EdgeFlow static_edgeflow_cocolvis
高精度模型 人像标注场景 HRNet18_OCR64 static_hrnet18_ocr64_human
轻量化模型 人像标注场景 HRNet18s_OCR48 static_hrnet18s_ocr48_human
轻量化模型 遥感建筑物标注场景 HRNet18s_OCR48 static_hrnet18_ocr48_rsbuilding_instance
高精度模型* x光胸腔标注场景 Resnet50_Deeplabv3+ static_resnet50_deeplab_chest_xray
轻量化模型 医疗肝脏标注场景 HRNet18s_OCR48 static_hrnet18s_ocr48_lits
轻量化模型* MRI椎骨图像标注场景 HRNet18s_OCR48 static_hrnet18s_ocr48_MRSpineSeg
轻量化模型* 质检铝板瑕疵标注场景 HRNet18s_OCR48 static_hrnet18s_ocr48_aluminium

NOTE: 将下载的模型结构*.pdmodel及相应的模型参数*.pdiparams需要放到同一个目录下,加载模型时只需选择*.pdiparams结尾的模型参数位置即可, *.pdmodel会自动加载。在使用EdgeFlow模型时,请将使用掩膜关闭,其他模型使用时请勾选使用掩膜。其中,高精度模型推荐使用带有显卡的电脑,以便获得更流畅的标注体验。

1.2 安装

EISeg提供多种安装方式,其中使用pip运行代码方式可兼容Windows,Mac OS和Linux。为了避免环境冲突,推荐在conda创建的虚拟环境中安装。

版本要求:

  • PaddlePaddle >= 2.2.0

PaddlePaddle安装请参考官网

通过git将PaddleSeg克隆到本地:

git clone https://github.com/PaddlePaddle/PaddleSeg.git

安装所需环境(若需要使用到GDAL和SimpleITK请参考垂类分割进行安装):

pip install -r requirements.txt

安装好所需环境后,进入EISeg,可通过直接运行eiseg打开EISeg:

cd PaddleSeg\EISeg
python -m eiseg

或进入eiseg,运行exe.py打开EISeg:

cd PaddleSeg\EISeg\eiseg
python exe.py

PIP

pip安装方式如下:

pip install eiseg

pip会自动安装依赖。安装完成后命令行输入:

python -m eiseg

即可运行软件。

1.2 使用

打开软件后,在对项目进行标注前,需要进行如下设置:

  1. 模型参数加载

    根据标注场景,选择合适的网络模型及参数进行加载。目前在EISeg0.4.0中,已经将动态图预测转为静态图预测,全面提升单次点击的预测速度。选择合适的模型及参数下载解压后,模型结构*.pdmodel及相应的模型参数*.pdiparams需要放到同一个目录下,加载模型时只需选择*.pdiparams结尾的模型参数位置即可。静态图模型初始化时间稍长,请耐心等待模型加载完成后进行下一步操作。正确加载的模型参数会记录在近期模型参数中,可以方便切换,并且下次打开软件时自动加载退出时的模型参数。

  2. 图像加载

    打开图像/图像文件夹。当看到主界面图像正确加载,数据列表正确出现图像路径即可。

  3. 标签添加/加载

    添加/加载标签。可以通过添加标签新建标签,标签分为4列,分别对应像素值、说明、颜色和删除。新建好的标签可以通过保存标签列表保存为txt文件,其他合作者可以通过加载标签列表将标签导入。通过加载方式导入的标签,重启软件后会自动加载。

  4. 自动保存设置

    在使用中可以将自动保存设置上,设定好文件夹即可,这样在使用时切换图像会自动将完成标注的图像进行保存。

当设置完成后即可开始进行标注,默认情况下常用的按键/快捷键如下,如需修改可按E弹出快捷键修改。

部分按键/快捷键 功能
鼠标左键 增加正样本点
鼠标右键 增加负样本点
鼠标中键 平移图像
Ctrl+鼠标中键(滚轮) 缩放图像
S 切换上一张图
F 切换下一张图
Space(空格) 完成标注/切换状态
Ctrl+Z 撤销
Ctrl+Shift+Z 清除
Ctrl+Y 重做
Ctrl+A 打开图像
Shift+A 打开文件夹
E 打开快捷键表
Backspace(退格) 删除多边形
鼠标双击(点) 删除点
鼠标双击(边) 添加点

1.3 特色功能使用说明

  • 多边形

    • 交互完成后使用Space(空格)完成交互标注,此时出现多边形边界;
    • 当需要在多边形内部继续进行交互,则使用空格切换为交互模式,此时多边形无法选中和更改。
    • 多边形可以删除,使用鼠标左边可以对锚点进行拖动,鼠标左键双击锚点可以删除锚点,双击两点之间的边则可在此边添加一个锚点。
    • 打开保留最大连通块后,所有的点击只会在图像中保留面积最大的区域,其余小区域将不会显示和保存。
  • 保存格式

    • 打开保存JSON保存COCO保存后,多边形会被记录,加载时会自动加载。
    • 若不设置保存路径,默认保存至当前图像文件夹下的label文件夹中。
    • 如果有图像之间名称相同但后缀名不同,可以打开标签和图像使用相同扩展名
    • 还可设置灰度保存、伪彩色保存和抠图保存,见工具栏中7-9号工具。
  • 生成mask

    • 标签按住第二列可以进行拖动,最后生成mask时会根据标签列表从上往下进行覆盖。
  • 界面模块

    • 可在显示中选择需要显示的界面模块,正常退出时将会记录界面模块的状态和位置,下次打开自动加载。
  • 垂类分割

    EISeg目前已添加对遥感图像和医学影像分割的支持,使用相关功能需要安装额外依赖。

  • 脚本工具使用

    EISeg目前提供包括标注转PaddleX数据集、划分COCO格式以及语义标签转实例标签等脚本工具,相关使用方式详见脚本工具使用

2、遥感相关

以下内容为EISeg中遥感垂类相关的文档,主要包括环境配置和功能介绍两大方面。

2.1 环境配置

EISeg中对遥感数据的支持来自GDAL/OGR,GDAL是一个在X/MIT许可协议下的开源栅格空间数据转换库,OGR与其功能类似但主要提供对矢量数据的支持。

2.2 依赖安装

关于GDAL的安装,可参考如下安装方式:

2.2.1 Windows

Windows用户可以通过这里下载对应Python和系统版本的二进制文件(*.whl)到本地,以GDAL‑3.3.3‑cp39‑cp39‑win_amd64.whl为例,进入下载目录:

cd download

安装依赖:

pip install GDAL‑3.3.3‑cp39‑cp39‑win_amd64.whl

2.2.2 Linux/Mac安装

Mac用户建议利用conda安装,如下:

conda install gdal

2.3 功能介绍

目前EISeg中的遥感垂类功能建设还比较简单,基本完成了GTiff类数据加载、大幅遥感影像切片与合并、地理栅格/矢量数据(GTiff/ESRI Shapefile)导出。并基于各类建筑提取数据集40余万张数据训练了一个建筑分割的交互式模型。

2.3.1 数据加载

目前EISeg仅支持了*.tif/tiff图像后缀的的遥感影像读取,由于训练数据都是来自于RGB三通道的遥感图像切片,因此交互分割也仅在RGB三通道上完成,也就表示EISeg支持多波段数据的波段选择。

当使用EISeg打开GTiff图像时,会获取当前波段数,可通过波段设置的下拉列表进行设置。默认为[b1, b1, b1]。下例展示的是天宫一号多光谱数据设置真彩色:

2.3.2 大幅数据切片

目前EISeg对于大幅遥感图像(目前最大尝试为900M,17000*10000大小三通道图像),支持切片预测后合并,其中切片的重叠区域overlap为24。

下面是一副来自谷歌地球的重庆部分地区的切片演示:

2.3.3 地理数据保存

当打开标注的GTiff图像带有地理参考,可设置EISeg保存时保存为带有地理参考的GTiff和ESRI Shapefile。

  • GTiff:已成为GIS和卫星遥感应用的行业图像标准文件。
  • ESRI Shapefile:是最常见的的矢量数据格式,Shapefile文件是美国环境系统研究所(ESRI)所研制的GIS文件系统格式文件,是工业标准的矢量数据文件。 所有的商业和开源GIS软件都支持。无处不在的它已成为行业标准。

2.4 遥感标注模型选择

建筑物标注建议使用static_hrnet18_ocr48_rsbuilding_instance

3、EISeg打包

打包步骤

  1. 克隆当前repo(可有可无的步骤):

    git clone https://github.com/geoyee/eiseg2exe.git
  2. 在当前能够正常使用EISeg的环境中安装QPT:

    python -m pip install qpt -i https://mirrors.bfsu.edu.cn/pypi/web/simple
  3. 将EISeg最新的代码(去掉.git文件)替换文件夹下的EISeg文件夹:

  4. 进入EISeg文件夹,删除.github.idea文件夹。

  5. 再运行qpt_pack.py脚本:

    python qpt_pack.py
  6. 进入EISeg/requirements_with_opt.txt,注释掉GDAL,添加QPT,并将paddlepaddle-gpu改为paddlepaddle,回车确认,等待打包完成。

    # -------------Mainly depends on package analysis results--------------
    
    pycocotools==2.0.2
    paddlepaddle==2.2.0  # 替换 paddlepaddle-gpu==2.2.0
    beautifulsoup4==4.9.3
    # gdal==3.2.3  # 注释
    qtpy==1.9.0
    albumentations==0.5.2
    simpleitk==2.0.2
    easydict==1.9
    visualdl==2.2.0
    pyqt5==5.15.4
    paddleseg==2.3.0
    imgaug==0.4.0
    qpt==1.0b1.dev11  # 增加
    
  7. 复制目录下的GDAL-3.2.3-cp38-cp38-win_amd64.whlout/Debug(Release)/opt/packages下,完成GDAL的打包。

使用

  1. Debug下的exe用于测试。
  2. 发布只需把Release打包为zip即可。
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