1、资源不足
采用虚拟主机服务的用户实际上很难确切地知道到底有多少客户正在同时分享现实服务器的资源。当与您的网站在同一台服务器上的某个(些)网站的访问量很大时，这台服务器的系统结构可能很容易就不堪重负，出现过载，从而大大影响其它网站系统的性能。有许多地方可能会出现这种瓶颈问题，其中包括处理器能力、内存分配以及用于传送未加工数据的网卡等。
如果使用的是独立服务器服务，那么用户可以拥有更高级别的控制能力，并且可以自己决定服务的质量高低以及其它一些重要的事情，能够对服务器资源的使用情况进行监督，可以决定何时升级服务器的资源配置，其中包括硬盘、随机访问存储器以及处理器等。因而对资源的使用有很强的控制性和极大的灵活性。
2、可伸缩性不大
规模可伸缩性的限制是造成虚拟主机实际上无法升级的另一个原因。独立服务器模式可以确保服务器的结构规模能够自由地改变，使用户能够轻松地处理通信量和业务量增加的问题。
另外，独立服务器可以让用户自己决定其网站的系统环境，包括操作系统、应用软件、电子商务设置等，整个系统具有很强的可伸缩性，以便满足用户未来的需求。
3、灵活性不够
当用户的网站需要具有更大的灵活性以便处理和组织不断增长的需求时，虚拟主机可能就无能为力了，就像一间公寓给它的住户带来了限制和约束一样，虚拟主机不仅会受到共享环境中实际运转的资源的约束，
