Bash 故障排除：不是有效的标识符

初学者试图让管道在 bash 中工作。如果有人能明白为什么当我运行以下命令时我会得到：

-bash: `$i': not a valid identifier,

这真的很有帮助。另外如果还有其他错误请告诉我

for $i in /home/regionstextfile; do tabix /sequences/human_variation/snps/genotypes.vcf.gz $i | vcftools --window-pi 10000 >> /home/Testgenomesdata/genomesregions.txt; done

这个想法是为regionstextfile（包含基因组坐标）中的每一行运行一个名为tabix in the vcf.bz文件，然后输出运行vcftools与指定的选项，然后将所有输出放入genomesregions.txt file.

一定是这样：

for i in `</home/regionstextfile`
do 
  tabix /sequences/human_variation/snps/genotypes.vcf.gz $i | vcftools --window-pi 10000 >> /home/Testgenomesdata/genomesregions.txt
done

当您使用变量时（例如，为其赋值或导出它，或执行除变量本身之外的任何操作），您无需编写其名称即可$;当你使用你写的变量的值时$.

EDIT:

当区域名称包含空格但每个区域都在单独的行中时，您需要while:

cat /home/regionstextfile | while read i
do 
  tabix /sequences/human_variation/snps/genotypes.vcf.gz "$i" | vcftools --window-pi 10000 >> /home/Testgenomesdata/genomesregions.txt
done