如何更改 pdb 文件的链名称？

我想将 PDB 文件的链重命名为“6gch”-https://www.rcsb.org/struct/6GCH.

我检查了Biopython手册，似乎找不到任何东西。 任何输入都会有很大帮助！

你确实可以改变id链元素的属性。之后您可以使用PDBIO保存修改后的结构。

但请注意，此过程会相当多地修改 PDB。 PDBIO 不存储诸如REMARK、SHEET 和SSBOND 之类的条目。如果您知道自己需要这些，则必须小心。 此外，此过程将 HETATM 移动到相应链的末尾，而原始 PDB 将它们定位在文件的末尾。

由于 6GCH 有 3 个链，所以我使用字典renames配置旧链名称到新链名称的映射。如果该字典中不包含链名称，则不会进行重命名。

from Bio.PDB import PDBList, PDBIO, PDBParser

pdbl = PDBList()

io = PDBIO()
parser = PDBParser()
pdbl.retrieve_pdb_file('6gch', pdir='.', file_format="pdb")

# pdb6gch.ent is the filename when retrieved by PDBList
structure = parser.get_structure('6gch', 'pdb6gch.ent')

renames = {
    "E": "A",
    "F": "B",
    "G": "C"
}

for model in structure:
    for chain in model:
        old_name = chain.get_id()
        new_name = renames.get(old_name)
        if new_name:
            print(f"renaming chain {old_name} to {new_name}")
            chain.id = new_name
        else:
            print(f"keeping chain name {old_name}")

io.set_structure(structure)
io.save('6gch_renamed.pdb')