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更改 Mac 上的默认 python 版本 - 安装 Biopython
我的 Mac 预装了 python 2 7 作为默认的 python 版本 但是 许多软件包和软件不再支持该版本 我搜索了几个在线论坛 了解如何更改 mac 上的默认 python 版本 但是 它们似乎都不起作用 我还安装了最新版本的 py
python3x
MacOS
biopython
Biopython 成对比对导致循环运行时分段错误
我正在尝试运行成对全局对齐方法biopython循环大约 10000 对字符串 每个字符串平均长度为 20 个字符 对一对序列运行该方法效果很好 但在循环中运行此操作 低至 4 对 会导致分段错误 如何解决这个问题 from Bio imp
python
python3x
memory
biopython
Biopython无法直接访问异质残基
我可以使用以下方法直接获取蛋白质 1n31 的残基 residue structure 0 A 100 然而 当我尝试访问异质残基时 例如 residue structure 0 A 2003 我收到错误消息 File
biopython
当我从网络运行 CGI 脚本时,为什么 python 找不到某些模块?
我不知道这里可能有什么问题 我有一些来自 Biopython 的模块 当使用交互式提示或通过命令行执行 python 脚本时 我可以轻松导入这些模块 问题是 当我尝试在 Web 可执行 cgi 脚本中导入相同的 biopython 模块时
python
CGI
Bioinformatics
biopython
Biopython:如何避免蛋白质中的特定氨基酸序列以绘制 Ramachandran 图?
我编写了一个 python 脚本来绘制泛素蛋白的 Ramachandran 图 我正在使用biopython 我正在处理 pdb 文件 我的脚本如下 import Bio PDB import numpy as np import matp
python
Bioinformatics
biopython
proteindatabase
Spyder 中的 ModuleNotFoundError
我尝试在Spyder中导入biopython包并收到错误消息 ModuleNotFoundError No module named biopython 虽然安装了biopython 我还检查了 PYTHONPATH 在存储包的目录中设置了
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spyder
biopython
在 NGS 数据中查找 CDR
我有数百万个fasta格式的序列 想要提取CDR CDR1 CDR2和CDR3 我只选择了一个序列作为示例 并尝试提取CDR1 但无法提取CDR1 顺序 FYSHSAVTLDESGGGLQTPGGGLSLVCKASGFTFSSYGMMWVR
python
regex
pythonre
biopython
fuzzysearch
将数据帧转换为带有计数的矩阵
我的数据文件结构如下 OTU1 PIA0 1120 OTU2 PIA1 2 OTU2 PIA3 6 OTU2 PIA4 10 OTU2 PIA5 1078 OTU2 PIN1 24 OTU2 PIN2 45 OTU2 PIN3 261 OT
r
biopython
reshape2
parsercombinators
AttributeError:'str'对象没有属性'id'使用BioPython,解析fasta
我正在尝试使用 Bio 和 SeqIO 打开包含多个序列的 FASTA 文件 编辑序列名称以删除所有名称末尾的 seq gt SeqID20 seq 应变为 gt SeqID20 然后将所有序列写入新的 FASTA 文件 但出现以下错误 A
python
python3x
Bioinformatics
biopython
fasta
如何更改 pdb 文件的链名称?
我想将 PDB 文件的链重命名为 6gch https www rcsb org struct 6GCH 我检查了Biopython手册 似乎找不到任何东西 任何输入都会有很大帮助 你确实可以改变id链元素的属性 之后您可以使用PDBIO保
python
biopython
pdbfiles
如何在Python中合并重叠的字符串?
我有一些绳子 SGALWDV GALWDVP ALWDVPS LWDVPSP WDVPSPV 这些字符串彼此部分重叠 如果您手动重叠它们 您将得到 SGALWDVPSPV 我想要一种从重叠字符串列表到 python 中的最终压缩字符串的方法
python
string
MERGE
biopython
Bio.SeqUtils.molecular_weight() 函数在 molecular_weight 间隔内打印序列时出错
我正在尝试在 python 中创建一个函数 给定一个 不 模糊的序列 并且分子量间隔返回该序列表示的所有明确序列的列表 我用以下代码尝试了这一点 def extend ambiguous dna file name mw min mw ma
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Sequence
biopython
fasta
Biopython SeqIO 到 Pandas Dataframe
我有一个可以轻松解析的 FASTA 文件SeqIO parse 我对提取序列 ID 和序列长度感兴趣 我用这些行来做到这一点 但我觉得它太重了 两次迭代 转换等 from Bio import SeqIO import pandas as
python
pandas
biopython
fasta
Phylo BioPython 构建树木
I trying to build a tree with BioPython Phylo module What I ve done so far is this image 每个名称都有一个四位数字 后跟 和一个数字 该数字指的是该序列
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NumPy
graphviz
biopython
fasta.gz 上的 SeqIO.parse
编码新手 Pytho biopython 新手 这是我在网上的第一个问题 如何打开压缩的 fasta gz 文件以提取信息并在我的函数中执行计算 这是我正在尝试执行的操作 我尝试了不同的方法 以及错误是什么的简化示例 我正在使用的 gzip
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Bioinformatics
biopython
gzip