我最近从 OSX Mountain Lion“升级”到 Yosemite,并从 R 3.1.3“升级”到 3.2。升级后,当我打开 R 或 RStudio 时,我收到一条弹出消息,说我需要安装 Java 6。此外,加载rJava
或任何依赖于 rJava 的包(例如,xlsx
)导致 RStudio 崩溃(当我通过打开尝试此操作时,R 也崩溃了R.app
直接地)。
在尝试了在 Stack Overflow 和其他地方找到的一些修复(下面有更多详细信息)后,我现在正在加载rJava
或任何依赖于的包rJava
不再导致 R 崩溃,但会导致以下错误:
library(rJava)
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
error: unable to load shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so':
dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so, 6): Library not loaded: @rpath/libjvm.dylib
Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so
Reason: image not found
Error: package or namespace load failed for ‘rJava’
但是,如果我从命令行调用 R 然后加载rJava
或任何依赖于的包rJava
,它似乎有效(或者至少我没有收到任何错误消息)。
我尝试了许多不同的尝试修复,其中一些尝试了几次,但不太记得我按照什么顺序做了什么(没有意识到这将是一个泥沼,并且没有真正跟踪) ,但要点如下:
-
将以下内容添加到我的.bash_profile
(per 这个答案):
导出 JAVA_HOME="/usr/libexec/java_home -v 1.8"
导出 LD_LIBRARY_PATH=$JAVA_HOME/jre/lib/server
-
从命令行重新配置 java,如下所示:
sudo R CMD javareconf -n
-
Checked options("java.home")
并发现这被设置为NULL
。我尝试将其设置为以下内容(每这个问题):
选项(“java.home”=“/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_45.jdk/Contents/Home/jre”)
安装最新的Java开发工具包并重新安装rJava
来自来源(不记得我在哪里找到的)。
在尝试所有这些的某个时候,我能够加载rJava
没有使 R 崩溃,而是收到上面发布的错误消息。另外,当我退出RStudio时,它似乎正常关闭,但随后会弹出“RStudio意外退出”消息,表明程序在尝试关闭时崩溃了。
我终于决定安装适用于 OS X 的 Java 2014-001(Java 6),因为我似乎已经没有选择了。现在,当我打开 R 或 RStudio 时,不再出现“此软件需要 Java 6”弹出消息。然而,我仍然得到.onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava'
上面发布了错误消息。
在回顾我已经看过的一些帖子时,我注意到另一个SO答案我之前错过了,它建议使用以下命令行代码打开 RStudio,为 RStudio 提供正确的 java 路径:
LD_LIBRARY_PATH=$(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server: open -a RStudio
这打开了一个 RStudio 窗口,我也能够加载rJava
以及依赖它的包而不会出现错误。
最后,我尝试从命令行运行 R(我以前没有这样做过)。事实证明,在命令行上,加载rJava
或任何依赖于的包rJava
有效并且不会抛出任何错误。
所以,我现在可以得到rJava
如果我使用为 RStudio 提供 java 路径的代码从命令行打开 RStudio(如上所述),则可以正常工作。然而,我想找到一种方法来解决根本问题,无论它是什么,以便 RStudio 可以以通常的 Mac 方式打开,而不需要命令行拼凑。我还担心安装旧版本的 Java 可能会导致出现问题。
有谁对如何诊断和解决这个问题有任何想法?