问：我有一个 erdos.renyi 图。我感染了一个顶点并想看看该疾病会遵循什么顶点顺序？ igraph 具有有用的函数，例如 get.adjacency()、neighbors()。
细节。这是带有顶点名称而不是 0,1 标志的邻接矩阵，我正在尝试从中获取传染链。就像某个顶点被感染时，流行病在图表中的流动/顺序一样。我们不必担心这里的感染概率（假设所有命中的顶点都以概率 1 被感染）。
假设我击中了顶点 1（此处为第 1 行）。我们看到它有到顶点 4、5、18、22、23、24、25 的传出链接。那么接下来的顶点将是那些连接到 4,5,18...25 的顶点，即 row4、row5、row18...row25 中的那些值。然后，根据模型，疾病将通过这些等等传播。
我知道我可以传递一个字符串来对矩阵行进行排序。我的问题是，我不知道如何生成该序列。
矩阵看起来像这样。
> channel
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8]
[1,] 4 5 18 22 23 24 25 NA
[2,] 6 10 11 18 25 NA NA NA
[3,] 7 11 18 20 NA NA NA NA
[4,] 24 NA NA NA NA NA NA NA
[5,] 1 3 9 13 14 NA NA NA
[6,] 3 8 9 14 19 23 NA NA
[7,] 3 4 8 15 20 22 NA NA
[8,] 2 3 25 NA NA NA NA NA
[9,] 3 4 11 13 20 NA NA NA
[10,] 4 5 8 15 19 20 21 22
[11,] 3 13 15 18 19 23 NA NA
[12,] 11 13 16 NA NA NA NA NA
[13,] 4 6 14 15 16 17 19 21
[14,] 2 6 13 NA NA NA NA NA
[15,] 3 17 20 NA NA NA NA NA
[16,] 6 15 18 23 NA NA NA NA
[17,] 2 25 NA NA NA NA NA NA
[18,] 2 5 NA NA NA NA NA NA
[19,] 3 11 NA NA NA NA NA NA
[20,] 1 4 7 10 12 21 22 25
[21,] 2 4 6 13 14 16 18 NA
[22,] 1 3 4 15 23 NA NA NA
[23,] 1 16 24 NA NA NA NA NA
[24,] 7 8 19 20 22 NA NA NA
[25,] 7 12 13 17 NA NA NA NA
我想根据以下选择标准重新排序该矩阵：
R 将是最有帮助的（但我对算法感兴趣，所以任何 python、ruby 等都会很棒）。生成的向量的长度为 115（8x25=200 - 85 NA=115）。看起来像这样。如果顶点 1 被感染，这基本上就是疾病传播的方式。
4,5,18,22,23,24,25,24,1,3,9,13,14,2,5,1,3,4,15,23,1,16,24,7,8,19,20,22,7,12,13,17,7,8,19,20,22, 4,5,18,22,23,24,25,7,11,18,20...
到目前为止我所知道的：
1.R有一个包**igraph**这让我可以计算邻居(graph, vertex, "out")2.同样的包还可以生成get.adjlist(graph...), get.adjacency
找到这样的“传染链”相当于通过图表进行广度优先搜索，例如：
library(igraph)
set.seed(50)
g = erdos.renyi.game(20, 0.1)
plot(g)
order = graph.bfs(g, root=14, order=TRUE, unreachable=FALSE)$order
Output:
> order
[1] 14 1 2 11 16 18 4 19 12 17 20 7 8 15 5 13 9 NaN NaN NaN
