您好(这是我的第一条消息,如果有什么问题,我很抱歉),
我已经有这个问题好几天了。我无法安装新软件包,我读过类似的question但就我而言,只有当我尝试安装新的时才会出现问题生物导体软件包(或者当我删除旧软件包并尝试重新安装它时)。
问题是我总是收到下一条消息的一些变化(在这个例子中我试图安装 ComplexHeatmap):
BiocManager::install("ComplexHeatmap")
Bioconductor版本3.12(BiocManager 1.30.13),R 4.0.0(2020-04-24)
安装包“BiocVersion”,“ComplexHeatmap”也安装
依赖项“shape”、“rjson”、“BiocGenerics”、“circlize”、
“GetoptLong”、“色彩空间”、“线索”、“RColorBrewer”、“全局选项”、
“png”、“开罗”、“S4Vectors”、“IRanges”、“matrixStats”
无法打开网址
'https://bioconductor.org/packages/3.12/data/annotation/bin/windows/contrib/4.0/PACKAGES.rds':
HTTP 状态为“404 Not Found”旧软件包:“installr”、“boot”、
'class', 'cluster', 'codetools', 'foreign', 'KernSmooth', 'lattice',
“MASS”、“矩阵”、“mgcv”、“nlme”、“nnet”、“空间”、“生存”更新
全部/部分/无? [a/s/n]:更新全部/部分/无? [a/s/n]:
它告诉我必须安装 X 软件包,所以我输入“a”,然后发生了这种情况:
readRDS(dest) 中的错误:从连接读取时出错
第一次尝试后,我只收到第二条消息,直到重新启动 R。
我努力了:
- 启动 Rscripts(或 Rmarkdowns)的新会话
- 删除所有包(直接删除文件夹)
- 卸载并重新安装 R 和 RStudio(尝试不同版本,R 降至 4.0)
- 重新启动 R 和计算机
我尝试安装 BiocManager 的早期版本,但无法安装。
一切都更新了。
非常感谢您的关注,我将感谢您的帮助。
This is BiocManager 1.30.13 的一个已知问题。通过运行以下命令安装开发版本:
install.packages("devtools")
devtools::install_github("Bioconductor/BiocManager", ref="ghost-binary-repo")
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