我在获取包含 url 的图例的正确 pdf 输出时遇到问题。它的工作原理是bookdown::gitbook但不一样bookdown::pdf_book
这是一个例子：
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output: bookdown::pdf_book
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## Reference with URL doesn't work
In this experiment, we will use a [spectrophotometer] (https://en.wikipedia.org/wiki/Spectrophotometry) to measure the absorption of light of different wavelength by colored solutions.
(ref:spectrum) [Spectrum of light. V, violet; B, blue; G, green Y, yellow; O, orange; R, red](https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Linear_visible_spectrum.svg)
```{r spectrum, fig.cap='(ref:spectrum)', echo=FALSE, message=FALSE, warning=FALSE}
knitr::include_graphics("./figures/photosynthesis/spectrum.png")
```
## Reference without URL does work
In this experiment, we will use a [spectrophotometer] (https://en.wikipedia.org/wiki/Spectrophotometry) to measure the absorption of light of different wavelength by colored solutions.
(ref:spectrumNOurl) Spectrum of light. V, violet; B, blue; G, green Y, yellow; O, orange; R, red.
```{r spectrumNOurl, fig.cap='(ref:spectrumNOurl)', echo=FALSE, message=FALSE, warning=FALSE}
knitr::include_graphics("./figures/photosynthesis/spectrum.png")
```
我想要的是图形图例看起来像示例中没有 url，但在脚注中的 url 上有上标。
附加信息
我在 MacBook Pro 13 上的 OS X (10.13.5 Beta) 上的 docker 容器 (rocker/rstudio) 上使用 bookdown (0.7.8)、rstudio (1.1.423) 和 Pandoc 2.1.3。
我已经尽了一切努力，但无法解决这个问题。我将所有 Pandoc 降级到 bookdown 附带的 1.x 版本，但遇到了同样的问题。我使用 pdflatex 还是 xelatex 作为引擎并不重要。
这里有两个问题：
1. 添加超链接作为脚注
默认情况下，输出的 LaTeX 文档不会显示超链接。我们可以重新定义如何href使用 LaTeX 命令进行工作。您可以将以下行添加到您的preamble.tex或者直接将其嵌入到标题中：
\let\oldhref\href
- \renewcommand{\href}[2]{#2\footnote{\url{#1}}}
在 YAML 标头中使用它：
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output: bookdown::pdf_book
header-includes:
- \let\oldhref\href
- \renewcommand{\href}[2]{#2\footnote{\url{#1}}}
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如果您更喜欢将其保存为单独的文件（我建议将其用于较大的项目），您可以使用：
header-includes: preamble.tex
2. 文本引用在标题中不起作用
导致此问题的原因是文本引用似乎无法包含任何特殊字符，包括_ and -。我将此作为另一个问题提出，因为这似乎是您问题的一个特定子问题：如果 URL 包含特殊字符，Bookdown 文本引用将不起作用
最简单的解决方法似乎是使用类似服务来缩短 URLthis。它是免费的，并且链接不会过期。
这是一个部分有效的解决方案。 Stackoverflow 不允许包含来自 google 的网址，因此您必须替换缩短的网址与你的链接。
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output: bookdown::pdf_book
header-includes:
- \let\oldhref\href
- \renewcommand{\href}[2]{#2\footnote{\url{#1}}}
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The references work fine when not used within a text reference [Spectrum of light. V, violet; B, blue; G, green Y, yellow](https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Linear_visible_spectrum.svg)
(ref:spectrum) [Spectrum of light. V, violet; B, blue; G, green Y, yellow](Shortened URL)
```{r spectrum, fig.cap='(ref:spectrum)', echo=FALSE, message=FALSE, warning=FALSE}
plot(cars)
```
我说这只是部分起作用：正如您所看到的，我们现在有了 URL 的脚注，但标题中的脚注实际上并未显示在页脚中！
我认为你更好的选择是使用参考书目并使用 [@ref] 中的引文来引用该图。检查这里：https://bookdown.org/yihui/bookdown/itations.html