我想绘制一个ROC曲线的分类器使用留一法交叉验证.
好像有人问过类似的问题here但没有任何答复。
在另一个问题中here据称：
为了使用 LeaveOneOut 获得有意义的 ROC AUC，您需要 计算每次折叠的概率估计（每个折叠只包含 一个观察），然后计算所有这些的集合上的 ROC AUC 概率估计。
此外，在 scikit-learn 官方网站上有一个类似的示例，但使用 KFold 交叉验证（https://scikit-learn.org/stable/auto_examples/model_selection/plot_roc_crossval.html#sphx-glr-auto-examples-model-selection-plot-roc-crossval-py).
So 对于留一法交叉验证案例，我正在考虑收集测试集上的所有概率预测（一次一个样本），并在获得所有折叠的预测概率后，计算并绘制 ROC 曲线。
这看起来还可以吗？我看不到任何其他方法来实现我的目标。
这是我的代码：
from sklearn.svm import SVC
import numpy as np, matplotlib.pyplot as plt, pandas as pd
from sklearn.model_selection import cross_val_score,cross_val_predict, KFold, LeaveOneOut, StratifiedKFold
from sklearn.metrics import roc_curve, auc
from sklearn import datasets
# Import some data to play with
iris = datasets.load_iris()
X_svc = iris.data
y = iris.target
X_svc, y = X_svc[y != 2], y[y != 2]
clf = SVC(kernel='linear', class_weight='balanced', probability=True, random_state=0)
kf = LeaveOneOut()
all_y = []
all_probs=[]
for train, test in kf.split(X_svc, y):
all_y.append(y[test])
all_probs.append(clf.fit(X_svc[train], y[train]).predict_proba(X_svc[test])[:,1])
all_y = np.array(all_y)
all_probs = np.array(all_probs)
fpr, tpr, thresholds = roc_curve(all_y,all_probs)
roc_auc = auc(fpr, tpr)
plt.figure(1, figsize=(12,6))
plt.plot(fpr, tpr, lw=2, alpha=0.5, label='LOOCV ROC (AUC = %0.2f)' % (roc_auc))
plt.plot([0, 1], [0, 1], linestyle='--', lw=2, color='k', label='Chance level', alpha=.8)
plt.xlim([-0.05, 1.05])
plt.ylim([-0.05, 1.05])
plt.xlabel('False Positive Rate')
plt.ylabel('True Positive Rate')
plt.title('Receiver operating characteristic example')
plt.legend(loc="lower right")
plt.grid()
plt.show()
我相信代码是正确的，拆分也是正确的。我添加了几行以验证实现和结果：
from sklearn.model_selection import cross_val_score,cross_val_predict, KFold, LeaveOneOut, StratifiedKFold
from sklearn.metrics import roc_curve, auc
from sklearn import datasets
# Import some data to play with
iris = datasets.load_iris()
X_svc = iris.data
y = iris.target
X_svc, y = X_svc[y != 2], y[y != 2]
clf = SVC(kernel='linear', class_weight='balanced', probability=True, random_state=0)
kf = LeaveOneOut()
if kf.get_n_splits(X_svc) == len(X_svc):
print("They are the same length, splitting correct")
else:
print("Something is wrong")
all_y = []
all_probs=[]
for train, test in kf.split(X_svc, y):
all_y.append(y[test])
all_probs.append(clf.fit(X_svc[train], y[train]).predict_proba(X_svc[test])[:,1])
all_y = np.array(all_y)
all_probs = np.array(all_probs)
#print(all_y) #For validation
#print(all_probs) #For validation
fpr, tpr, thresholds = roc_curve(all_y,all_probs)
print(fpr, tpr, thresholds) #For validation
roc_auc = auc(fpr, tpr)
plt.figure(1, figsize=(12,6))
plt.plot(fpr, tpr, lw=2, alpha=0.5, label='LOOCV ROC (AUC = %0.2f)' % (roc_auc))
plt.plot([0, 1], [0, 1], linestyle='--', lw=2, color='k', label='Chance level', alpha=.8)
plt.xlim([-0.05, 1.05])
plt.ylim([-0.05, 1.05])
plt.xlabel('False Positive Rate')
plt.ylabel('True Positive Rate')
plt.title('Receiver operating characteristic example')
plt.legend(loc="lower right")
plt.grid()
plt.show()
The If线的目的只是确保进行分割n时间、地点n是给定数据集的观测值数量。这是因为正如文档所述，LeaveOneOut 的工作原理与Kfold(n_splits=n) and LeaveOneOut(p=1)。
此外，在打印预测概率值时，它们表现良好，能够理解曲线。恭喜您获得 1.00AUC！