Data.table 与 cor.test 按组

2023-12-22

当我使用data.table要使用 cor.test 函数计算每个组的相关性,它适用于默认方法(即“pearson”),但不适用于“spearman”。我收到一个data.table error.

library("data.table")
dd <- data.table(group=sample(letters[1:3], 50, replace=TRUE), x=rnorm(50), y=rnorm(50))
head(dd)
## group          x            y
## 1:     c  0.1808595  2.124721051
## 2:     a  0.2492086  0.112128546
## 3:     b -1.6392331 -1.823208890
## 4:     c  0.6605648  0.981215691
## 5:     c -0.4625216 -0.008350339
## 6:     b -0.2747395  1.045594928
dd[ , cor.test(x, y), by=group]  # works
dd[ , cor.test(x, y, method="spearman"), by=group]  # does not work
## Error in `[.data.table`(dd, , cor.test(x, y, method = "spearman"), by = group) : 
## Column 2 of j's result for the first group is NULL. [...]

有谁知道如何按组使用 cor.testdata.table这不会导致错误吗?或者,如果这不能解决data.table完全因为它与这里的 cor.test 的本质有关,所以按组使用 Spearman cor.test 的任何其他类似的(data.frame,dplyr)方法都有效吗?


问题是因为parameter列表结果中返回的元素cor.test for method="spearman" is NULL,这会导致 data.table 崩溃。

返回的错误消息非常明确地说明了这一点:

第一组的 j 结果的第 2 列为 NULL。 [...]

只需从结果中删除第 2 列即可。

dd[ , cor.test(x, y,method="spearman")[-2], by=group]

#   group statistic   p.value   estimate null.value alternative   ...    
#1:     c      2060 0.6263233  0.1043478          0   two.sided   ...
#2:     a       262 0.5762578 -0.1909091          0   two.sided   ...
#3:     b       650 0.5667271 -0.1607143          0   two.sided   ...
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