“通配符”对象没有属性“输出”

我收到一条相当简单的规则的错误。我必须为另一个程序编写一个任务文件，需要一个 tsv 文件。我从配置文件中读取一定数量的参数，并使用 shell 命令将它们写入文件中。

Code:

rule create_tasks:
    output:
        temp("tasks_{sample}.tsv")
    params:
        ID="{sample}",
        file=lambda wc: samples["path"][wc.sample] ,
        bigwig=lambda wc: samples["bigwig"][wc.sample] ,
        ambig=lambda wc: samples["ambig"][wc.sample] 
    shell:
        
        'echo -e "{params.ID}\t{params.file}" > {output}' 

当我执行工作流程时，出现以下错误：

Building DAG of jobs...
Using shell: /usr/bin/bash
Provided cluster nodes: 1
Job counts:
        count   jobs
        1       create_tasks
        1

[Mon Oct 12 14:48:15 2020]
rule create_tasks:
    output: tasks_sampleA.tsv
    jobid: 0
    wildcards: sample=sampleA

echo -e "sampleA    /Path/To/sampleA.bed               " > tasks_sampleA.tsv
WorkflowError in line 23 of /path/to/workflow.snakefile:
'Wildcards' object has no attribute 'output'
  File "/path/to/miniconda/envs/snakemake_submit/lib/python3.8/site-packages/snakemake/executors/__init__.py", line 111, in run_jobs
  File "/path/to/miniconda/envs/snakemake_submit/lib/python3.8/site-packages/snakemake/executors/__init__.py", line 1233, in run 

我应该提到，其中两个变量是空的，并且我期望 echo 命令中存在制表符/空格。

有人能解释一下为什么snakemake试图在通配符中查找输出吗？我特别困惑，因为它打印了正确的命令。

我遇到了同样的问题。 问题可能在于您如何从命令行调用 Snakemake。 例如，这是我的 Snakefile 规则：

rule sort:
    input:
        "{file}.bam",
    output:
        "{file}.sorted.bam",
        "{file}.sorted.bai",
    shell:
        "sambamba sort {input}"

我什至没有params or wildcards明确地在那里的任何地方。 但是当我在 Slurm HPC 上运行它时，我得到了同样的错误：

snakemake -j 10 -c "sbatch {cluster.params}" -u cluster.yaml

The Wildcards（注意大写“W”）和params对象不符合规则。 它们来自规则的集群执行，在尝试解析规则时抛出错误cluster.yaml file.

我的里面没有集群参数规范cluster.yaml文件为sort规则，所以抛出了错误。 我通过添加解决了这个问题

sort:
    params: "..."

to my cluster.yaml文件。 根据您的情况，在create_tasks: ...列表。 您还可以添加一个__default__: ...默认情况下，列表作为任何作业的默认提交参数，除非它与其他规则匹配。