Python
Java
PHP
IOS
Android
Nodejs
JavaScript
Html5
Windows
Ubuntu
Linux
在snakemake规则中使用pyenv
我正在使用 Snakemake 来实现一个漫长而复杂的管道 其中涉及一些外部编写的 python2 脚本 当我尝试使用 pyenv 指定 python2 时 pyenv shell命令失败 同时pyenv global and pyenv
shell
pyenv
snakemake
最后执行一定的规则
我目前正在编写一个 Snakefile 它进行了大量的对齐后质量控制 CollectInsertSizeMetics CollectAlignmentSummaryMetrics CollectGcBiasMetrics 在 Snakefi
workflow
snakemake
Snakemake 声明规则以非零退出代码退出,即使使用“|| true”?
我的 Snakemake 管道断言 每当我运行任何规则时 我的代码都会引发非零退出代码 即使我的代码在我手动运行相同的代码时返回错误代码 0 并且在 Snakemake 中运行时它可以正常工作 根据建议这个问题 https stackove
python
bash
snakemake
接受略有不同的 Snakemake 规则输入(.fq 与 .fq.gz)
我是 Snakemake 的新手 希望能够选择一对 fq文件或一对 fq gz文件并运行它们trim galore得到一对修剪过的 fq gz输出文件 在不提供所有 Snakefile 的情况下 我得到了下面丑陋的解决方案 我只是复制了规则
Bioinformatics
snakemake
Snakemake 输出中的 lambda 函数
我目前有一个snakemake工作流程 需要使用lambda通配符 设置如下 蛇文件 configfile config yaml workdir config work rule all input expand logs bwa ref
snakemake
Snakemake 输入函数异常。 AttributeError:“通配符”对象没有属性
我有一个带有 ChIP seq 单端 fastq 文件名的列表对象allfiles path file1 fastq path file2 fastq path file3 fastq 我正在尝试设置该对象 allfiles 作为通配符 我
wildcard
snakemake
如何忽略 Snakemake 的“自上次执行以来参数已更改”?
由于 conda 环境不活跃 工作流程的一些非常晚的作业崩溃了 现在 当我尝试使用重新运行时snakemake deploy all ignore incomplete所有作业都会从头开始重新运行 原因如下 Reason Params ha
snakemake
Snakemake - 如何使用文件的每一行作为输入?
我需要使用文件的每一行tissuesused txt作为snakemake中并行规则的输入 我想总共大约有 48 个工作机会 for line in cat tissuesused txt do echo Sorting line phen
python3x
snakemake
默认内存请求是否可以在 Snakefile 中覆盖?
我有一个包含多个规则的 Snakefile 只有少数规则需要超过 1 GB 核心才能在集群上运行 这resources指令对此非常有用 但我找不到设置默认值的方法 我宁愿不用写resources mem per cpu 1024对于每条不需
snakemake
使用snakemake条件执行多重分析
我在Snakemake上遇到了一些麻烦 到目前为止我还没有找到相关信息 在文档中 或其他地方 事实上 我有一个包含不同样本 多重分析 的大文件 我想根据规则后找到的结果停止某些样本的管道执行 我已经尝试从规则定义中更改此值 使用检查点或 d
snakemake
错误的snakemake glob_wilcards 和 wildcard_constraints
在我的 Snakemake 管道中 我试图检索正确的通配符 我研究过 wildcard constraints 和这个帖子 https stackoverflow com questions 66882849 snakemake how t
python
glob
snakemake
wildcardexpansion
引用另一个 Snakemake 规则的输入或输出文件
如何以编程方式引用另一个 Snakemake 规则的属性 我需要更换什么
snakemake
如何快速识别 Snakemake 中的规则是否需要输入函数
我正在关注其文档页面上的 Snakemake 教程 并且确实陷入了输入函数的概念https snakemake readthedocs io en stable tutorial advanced html step 3 input fun
python
wildcard
snakemake
directedacyclicgraphs
wildcardexpansion
什么是snakemake元数据文件?我什么时候可以删除那些?
我注意到我的备份 rsync 脚本花费了相当多的时间从以下位置复制具有随机名称的内容 snakemake metadata文件夹 这些文件有什么用 在 Snakemake 运行完成后我可以安全地删除它们吗 或者它们对于 Snakemake
snakemake
Snakemake 中“未给出通配符错误值”
我正在尝试使用 Snakemake 制作一个简单的管道 从网络上下载两个文件 然后将它们合并到一个输出中 我认为可行的是以下代码 dwn lnks 1 https molb7621 github io workshop downloads
python
snakemake
构建 conda 配方时如何修复 conda“ResolvePackageNotFound”
我从 github 下载了一个 conda 包 进行了一些修改 并想在 conda 环境中构建这个本地包并测试我的更改 问题是配方的构建失败 因为 conda 有一个conda exceptions ResolvePackageNotFou
Build
conda
snakemake
如何在 Snakemake 表格配置中使用列表,用于描述生物信息学管道的测序单元
如何在 Snakemake 表格配置中使用列表 我使用 Snakemake Tabular 与 BWA mem 映射 配置来描述我的测序单元 在单独的行上测序的文库 在分析的下一阶段 我必须合并测序单元 映射的 bed 文件 并获取合并的
python
pandas
Bioinformatics
pipeline
snakemake
通配符 Snakemake 规则的预处理
我有一个 Snakemake 配方 其中包含一个非常昂贵的准备步骤 对于所有调用来说都很常见 这是用于演示的伪规则 rule sample input name config output name npz run import somem
python
snakemake
如何收集与输入函数匹配通配符的Snakemake输入文件?
我有一组使用 BWA MEM 生成并使用 GATK IndelRealigner 等进一步处理的 BAM 文件 我正在以较小的块对 BAM 文件进行预处理 以加快处理速度 然而 我必须在变体调用之前将这些单独的文件合并到一个 BAM 文件中
python
snakemake
Snakemake:如何有效地使用配置文件
我正在使用以下配置文件格式蛇形对于一些测序分析实践 我有大量样本 每个样本包含 2 个 fastq 文件 samples Sample1 XY fastq files SRR4356728 1 fastq gz fastq files SR
Indexing
config
wildcard
expand
snakemake
1
2
»