使用 R 显示跨面密度的主要峰值

2023-12-24

I am trying to plot distributions/densities of data, using ggplot within facets. Here is what I have right now where the red line shows the mean with mean value shown in each facet. Now here, mean values do not make sense, I wish to have similar plotting where peak values in the density are shown with xintercept and text.
enter image description here The code I used for the means is this:

data <- read.table("sample.csv", header=F, sep=',')
colnames(data) <- c("frame", "val")
attach(data)
library(ggplot2)
library(grid)

library(plyr)
xdat <- ddply(data,"frame", transform, val_mean = signif(mean(val),3), med.x = signif(mean(val),3), med.y=signif(mean(density(val)$y),3))

ppi <- 500
png("sample.png", width=4*ppi, height=4*ppi, res=ppi)

hp <-ggplot(data=data, aes(x=val))+
geom_density() +
geom_vline(aes(xintercept=val_mean),xdat, color="red",linetype="dashed",size=1) +
theme_bw()

hp<-hp + facet_wrap (~ frame, ncol=2, scales="free_y") +
geom_text(data = xdat, aes(x=med.x,y=med.y,label=val_mean))

print(hp)
dev.off()

用于绘制该图的数据是:

data <- data.frame(
    "frame"=c(rep("A",9), rep("B", 13), rep("C", 7)), 
    "val"=c(1, rep(2,4), 4, 5, 6, rep(1,6), 2, rep(3,7), 1, rep(4,6))
    )

我知道有一些帖子使用 R 来查找值的峰值。但我希望绘制密度峰值,但我无法找到任何解决方案(或者也许我错过了)。是否可以在 R 中实时计算峰值并在不同方面内进行绘图? 提前非常感谢您的时间和帮助!


我假设您想要识别每个方面的单个最大峰值 - 这将是分布的众数。如果您的分布是多峰的,我的答案只会识别最大的峰值。这是对另一个问题的回答 https://stackoverflow.com/a/12394603/2343633解释说geom_density()使用density()带默认参数的函数。

话虽如此,以下代码应该适合您:

library(ggplot2)
library(grid)
library(plyr)

data <- data.frame("frame"=c(rep("A",9), rep("B", 13), rep("C", 7)), "val"=c(1,rep(2,4),4,5,6,rep(1,6),2,rep(3,7),1,rep(4,6)))
attach(data)

densMode <- function(x){
    td <- density(x)
    maxDens <- which.max(td$y)
    list(x=td$x[maxDens], y=td$y[maxDens])
}
xdat <- ddply(data,"frame", transform, val_mean = signif(densMode(val)$x,3), med.x = signif(densMode(val)$x,3), med.y=signif(densMode(val)$y,3))

hp <- ggplot(data=data, aes(x=val)) + 
    geom_density() + 
    geom_vline(aes(xintercept=val_mean),xdat, color="red",linetype="dashed",size=1) + 
    theme_bw()

hp<- hp + 
    facet_wrap (~ frame, ncol=2, scales="free_y") + 
    geom_text(data = xdat, aes(x=med.x,y=med.y,label=val_mean))

hp

我唯一更改的行是那些确定如何创建图形的行(我没有使用png()),插入densMode()函数,并使用densMode()在定义中xdat。我还根据您的示例数据创建了一个 data.frame (我已将其作为对您问题的编辑提交,以方便其他可能想要回答的人)。

The code produces the following figure: enter image description here

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