NetLogo - 使用BehaviorSpace获取所有海龟位置作为每次重复的结果

2023-12-25

我正在使用BehaviorSpace 使用不同的参数运行模型数百次。但我需要知道所有海龟的位置，而不仅仅是海龟的数量。我怎样才能用BehaviorSpace实现它？

目前，我通过以下代码将结果输出到 csv 文件中：

to-report get-locations
  report (list xcor ycor)
end

to generate-output
  file-open "model_r_1.0_locations.csv"
  file-print csv:to-row get-locations
  file-close
end

但所有结果都弹出到同一个 csv 文件中，所以我无法说出每次运行的情况。

赛斯的合并建议behaviorspace-run-number http://ccl.northwestern.edu/netlogo/docs/dict/behaviorspace-run-number.html在你的文件名中csv输出是一种选择。它允许您将该文件与主BehaviorSpace 输出文件中的摘要数据相关联。

另一种选择是将报告者列表作为“度量”包含在行为空间实验定义中。例如，在你的情况下：

map [ t -> [ xcor ] of t ] sort turtles
map [ t -> [ ycor ] of t ] sort turtles

然后，您可以用您最喜欢的数据分析语言“手动”解析结果列表。我之前在 Julia 中使用过以下函数：

parselist(strlist, T = Float64) = parse.(T, split(strlist[2:end-1]))

我确信您可以轻松地用 Python 或 R 或您正在使用的任何语言编写一些等效代码。

在上面的示例中，我输出了单独的列表xcor和ycor海龟。您还可以输出单个“列表列表”，但解析会更加棘手。

编辑：如何使用`csv`延伸和R

巧合的是，我今天必须为另一个项目做类似的事情，并且我意识到将csv扩大 https://ccl.northwestern.edu/netlogo/docs/csv.htmlR 可以使这变得非常容易。

总体思路如下：

在 NetLogo 中，使用csv:to-string https://ccl.northwestern.edu/netlogo/docs/csv.html#csv:to-string将列表数据编码为字符串，然后将该字符串直接写入BehaviorSpace 输出中。
在 R 中，使用purrr::map https://purrr.tidyverse.org/reference/map.html and readr::read_csv https://readr.tidyverse.org/reference/read_delim.html，其次是tidyr::unnest https://www.rdocumentation.org/packages/tidyr/versions/0.8.1/topics/unnest，将所有内容解压到一个整洁的“每行一个观察”数据框中。

换句话说：我们喜欢 CSV，所以我们将 CSV 放入我们的 CSV 中，以便我们可以在解析时进行解析。

这是一个完整的例子。假设我们有以下 NetLogo 模型：

extensions [ csv ]

to setup
  clear-all
  create-turtles 2 [ move-to one-of patches ]
  reset-ticks
end

to go
  ask turtles [ forward 1 ]
  tick
end

to-report positions
  let coords [ (list who xcor ycor) ] of turtles
  report csv:to-string fput ["who" "x" "y"] coords
end

然后，我们使用我们的方法定义以下小型行为空间实验，仅重复两次，时间限制为两次positions记者作为输出：

处理这个问题的 R 代码非常简单：

library(tidyverse)

df <- read_csv("experiment-table.csv", skip = 6) %>%
  mutate(positions = map(positions, read_csv)) %>%
  unnest()

结果是以下数据框，一切整洁：

> df
# A tibble: 12 x 5
   `[run number]` `[step]`   who      x        y
            <int>    <int> <int>  <dbl>    <dbl>
 1              1        0     0  16     10     
 2              1        0     1  10     -2     
 3              1        1     1   9.03  -2.24  
 4              1        1     0 -16.0   10.1   
 5              1        2     1   8.06  -2.48  
 6              1        2     0 -15.0   10.3   
 7              2        0     1 -14      1     
 8              2        0     0  13     15     
 9              2        1     0  14.0   15.1   
10              2        1     1 -13.7    0.0489
11              2        2     0  15.0   15.1   
12              2        2     1 -13.4   -0.902

朱莉娅也有同样的事情：

using CSV, DataFrames
df = CSV.read("experiment-table.csv", header = 7)
cols = filter(col -> col != :positions, names(df))
df = by(df -> CSV.read(IOBuffer(df[:positions][1])), df, cols)

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