在 Snakemake 脚本中使用 argparse

是否可以将自定义命令行参数传递给snakemake脚本？我已经尝试过了，但是用以下命令执行 Snakefileargparse结果出错snakemake: error: unrecognized arguments: -zz。下面是一个示例脚本。

import argparse

def get_args():
    parser = argparse.ArgumentParser(description='Compares Illumina and 10x VCFs using RTG vcfeval')

    # required main arguments
    parser.add_argument('-zz', metavar='--filename', dest='fn', help='Filename', required=True)

    # parse arguments
    args = parser.parse_args()

    fn = args.fn
    return fn

fn = get_args()

rule test_1:
    input:
        fn + "/example.txt"
    shell:
        "echo Using file {input}"

从命令行传递参数是可能使用--config http://snakemake.readthedocs.io/en/stable/project_info/faq.html#is-it-possible-to-pass-variable-values-to-the-workflow-via-the-command-line。例如：

snakemake --config zz="filename"

在snakefile脚本中，可以这样使用：

rule test_1:
    input:
        fn + config['zz']
    shell:
        "echo Using file {input}"

请参阅文档 http://snakemake.readthedocs.io/en/stable/snakefiles/configuration.html#configuration了解更多信息。