读取 R 中的有向图

我在阅读/创建有向图时遇到问题。我按照我找到的步骤进行操作here http://www.ats.ucla.edu/stat/r/faq/snplot.htm.

这是我的文本文件图.txt:

1 2
1 3
2 5
3 4
3 5
4 5
5 6
5 10
6 7
7 8
7 9
7 12
8 9
9 10
9 11
9 12
10 11
11 7
11 12

现在我读到了这个图.txt:

library("igraph")
xlist<-read.graph("graph.txt", format="edgelist")

然后我绘制它：

plot(xlist)

但这不是我读入 xlist 的图表：

正如您所看到的，1->2、1->3、5->10 等之间没有边。如何正确读取有向图？

完成此操作后，如何显示两个节点之间的所有最短路径？

这似乎对我来说效果很好：

 xlist<-read.table("graph.txt")
 xlist <- graph.data.frame(xlist)
 plot(xlist)

Note R更改节点并将它们从零向上索引（不是在最近的igraph更新为@Sacha Epskamp 下面的评论）。 使用：

plot(xlist, vertex.label= V(xlist)$name)

你会看到你想要的名字。即 1 和 2 之间的边。

绘制最短路径的一种方法是使用get.all.shortest.paths然后用它来子集你的图表并覆盖它。看我的回答这个问题 https://stackoverflow.com/a/13439030/1317221对于类似的例子，我绘制了生成树。