引用 LSF 作业数组中的作业索引

2024-01-01

我试图将作业数组中作业的索引作为参数传递给另一个 bash 脚本。

numSims=3 
numTreatments=6 # uses numTreatments top rows of parameters.csv
maxFail=10
j=1
while [ $j -le $numSims ];
do
    bsub -q someQueue -J "mySim[1-$numTreatments]%2" ./another_script.sh $LSB_JOBINDEX $j $maxFail
    let j=j+1
done

From 这个链接 http://www.csc.fi/english/pages/murska_guide/batch_jobs/serial_batch_jobs:

上面的定义不仅会启动一个批处理作业,还会启动 100 个批处理作业,其中子作业特定的环境变量 $LSB_JOBINDEX 获取 1 到 100 之间的值。然后可以在实际作业启动命令中使用该变量,以便处理每个子任务。

在你的情况下,这意味着变量$LSB_JOBINDEX可从脚本内部获取another_script.sh。您不需要将其作为参数传递,只需访问$LSB_JOBINDEX在你的脚本中。

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