将布局从 networkx 传输到 cytoscape

我想使用 networkx 生成图形的布局。是否可以将此布局转移到细胞景观 http://www.cytoscape.org/并把它画在那里？我试图简单地写一个图表

import networkx as nx
G = nx.Graph()
G.add_edge(0,1,weight=.1)
G.add_edge(2,1,weight=.2)
nx.write_gml(G,'g.gml')
nx.write_graphml(G,'g.xml')

但这些都不会在 cytoscape 中被读取。我不确定如何以包含位置的格式传输图表。

Your g.xmlGraphML 文件看起来不错，可以加载到 Cytoscape 中（我使用的是 Mac）。您是否安装了图形阅读器 https://code.google.com/p/graphmlreader/插入？

如果没有，请下载它并将其放入插件文件夹中，然后重新启动 Cytoscape 并尝试加载g.xml再次网络。

Update以下是一些将图形外观和定位添加到 networkx 图形的代码。它有点冗长，您可以根据需要省略一些属性：

import networkx as nx

G = nx.Graph()
G.add_edge(0, 1, weight=0.1, label='edge', graphics={
    'width': 1.0, 'fill': '"#0000ff"', 'type': '"line"', 'Line': [],
    'source_arrow': 0, 'target_arrow': 0})
nx.set_node_attributes(G, 'graphics', {
    0: {'x': -85.0, 'y': -97.0, 'w': 20.0, 'h': 20.0,
        'type': '"ellipse"', 'fill': '"#889999"', 'outline': '"#666666"',
        'outline_width': 1.0},
    1: {'x': -16.0, 'y': -1.0, 'w': 40.0, 'h': 40.0,
        'type': '"ellipse"', 'fill': '"#ff9999"', 'outline': '"#666666"',
        'outline_width': 1.0}
    })
nx.set_node_attributes(G, 'label', {0: "0", 1: "1"})
nx.write_gml(G, 'network.gml')

Result: