我的总体目标是构建一个共同作者网络图。我有一份 PubMed ID 列表，这些是我唯一对绘制合著者网络图表感兴趣的出版物。我不知道如何使用rentrez 在查询中将作者姓名和各自的隶属关系放在一起。我可以获得这两个信息，但我的隶属关系列表比我的作者列表少了大约 300 个，所以显然有些人没有提供隶属关系，但我无法弄清楚是谁。有什么方法可以同时搜索作者和隶属关系吗？ [当我在 entrez_fetch 中执行这两项操作时，它只是分别给了我一个作者和隶属关系列表，所以我仍然无法弄清楚哪些隶属关系属于哪些作者。]
library(tidyverse)
library(rentrez)
library(XML)
trial<-entrez_fetch(db="pubmed", id=pub.list$PMID, rettype="xml", parsed=TRUE)
affiliations<-xpathSApply(trial, "//Affiliation", xmlValue)
first.names<-xpathSApply(trial, "//Author/ForeName", xmlValue)
这一切都很好，但我无法弄清楚哪些作者属于哪些隶属关系，因为他们的长度不同。
任何帮助将不胜感激。谢谢！
你可以尝试这样的事情：
xpathSApply(trial, "//Author", function(x) {
author_name <- xmlValue(x[["LastName"]])
author_affiliation <- xmlValue(x[["AffiliationInfo"]][["Affiliation"]])
c(author_name,author_affiliation)
})
它在第一行中返回作者的姓氏，并在第二行中返回作者的隶属关系，方法是获取每个作者的这些值//Author node.
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