R 连接到 sqlite

我无法从 R 连接到 sqlite。Sqlite3 安装在 Linux 服务器上并且能够创建/修改。但 R 未连接：

library(dplyr)
library(RSQLite)

> db <- src_sqlite("my_db.sqlite3", create = TRUE)
Error in .local(drv, ...) : Could not connect to database:
unable to open database file

我可以从命令行连接到 SQLite：

@ubuntu:~$ sqlite3
SQLite version 3.8.2 2013-12-06 14:53:30
Enter ".help" for instructions
Enter SQL statements terminated with a ";"
sqlite> 

这是会议信息：

> sessionInfo()
R version 3.2.2 (2015-08-14)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 14.04.1 LTS

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
 [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] RSQLite_1.0.0 DBI_0.3.1     dplyr_0.4.3  

loaded via a namespace (and not attached):
[1] magrittr_1.5   R6_2.1.1       assertthat_0.1 parallel_3.2.2 tools_3.2.2   
[6] Rcpp_0.12.1   
> 

SQLite 是一个文件级数据库，因此引用它需要完整的目录路径。无需在文件名中指定工作目录或完整路径。

默认情况下，R 将使用包含在中的当前工作目录getwd()。如果该文件夹中不包含数据库，则会出现连接错误。您可以使用以下命令更改工作目录setwd().

顺便说一句，您引用了这两个包，但使用以下命令连接到 SQLitedplyr封装使用src_sqlite http://www.inside-r.org/node/230652，而不是使用 RSQLite。

RSQLite 连接

library(RSQLite)

setwd("/Path/To/Database/Folder")
sqlite <- dbDriver("SQLite")
conn <- dbConnect(sqlite,"my_db.sqlite3")

DPLYR连接

library(dplyr)

setwd("/Path/To/Database/Folder")
db <- src_sqlite("my_db.sqlite3", create = TRUE)

您可能不想同时调用这两个库以避免相同命名函数的冲突。