mgm 包中的estimateNetwork 函数存在问题

2024-01-31

我正在尝试使用 mgm 包运行混合图形模型。到目前为止,这是我的代码。我在最后一个命令周围加了星号,这是我似乎无法运行的命令。有人可以建议吗?

library(haven)
    > flordiss <- read_sav("C:/Users/schul/OneDrive/Desktop/flordiss.sav")
    > View(flordiss)
    > library(mgm)
    This is mgm 1.2-13
    Please report issues on Github: https://github.com/jmbh/mgm/issues
    > library(huge)
    > library(glasso)
    > library(qgraph)
    > library(bootnet)
    Loading required package: ggplot2
    This is bootnet 1.5
    For questions and issues, please see github.com/SachaEpskamp/bootnet.
    > mydata<-flordiss
    > mydata_matrix <- as.matrix(mydata)
    > my_model <- estimateNetwork(mydata_matrix, reg = "mgl", standardize = TRUE)
    Error in do.call(.input$estimator, c(list(data), .input$arguments)) : 
    'what' must be a function or character string
    In addition: Warning messages:
    1: In formals(fun) : argument is not a function
    2: In formals(fun) : argument is not a function
    > Corr_matrix <- cor(mydata)
    > imputed_data <- apply(numeric_data, 2, function(x) ifelse(is.na(x), mean(x, na.rm = TRUE), x))
    Error in apply(numeric_data, 2, function(x) ifelse(is.na(x), mean(x, na.rm = TRUE),  : 
    object 'numeric_data' not found
    > numeric_data <- mydata[, sapply(mydata, is.numeric)]
    > imputed_data <- apply(numeric_data, 2, function(x) ifelse(is.na(x), mean(x, na.rm = TRUE), x))
    > corr_matrix <- cor(imputed_data)
    > qgraph(corr_matrix, layout = "spring", labels = colnames(imputed_data))
    > **my_model <- estimateNetwork(corr_matrix, reg = "mgl", standardize = TRUE)
    Error in do.call(.input$estimator, c(list(data), .input$arguments)) : 
   'what' must be a function or character string
    In addition: Warning messages:
    1: In formals(fun) : argument is not a function
    2: In formals(fun) : argument is not a function
    > **

我重新加载了 mgm 和相关的软件包。我重新启动 R 并检查了之前的代码。


我建议您在 R 脚本中而不是在控制台中编写代码。例如,您现在还显示导致错误的代码行,然后显示不同的代码行来解决该错误,这使得阅读代码变得非常困难。在此,请注意mgm是一个函数mgm包装和estimateNetwork是一个函数bootnet作为包装器的包mgm如果你使用default = "mgm"。这在帮助文件中有解释?estimateNetwork。另请注意,输入estimateNetwork应该是原始数据而不是相关矩阵。

本文内容由网友自发贡献,版权归原作者所有,本站不承担相应法律责任。如您发现有涉嫌抄袭侵权的内容,请联系:hwhale#tublm.com(使用前将#替换为@)

mgm 包中的estimateNetwork 函数存在问题 的相关文章

  • 从 R 到 C 处理列表并访问它

    我想使用从 R 获得的 C 列表 我意识到这个问题与此非常相似 使用 call 在 R 和 C 之间传递数据帧 https stackoverflow com questions 6658168 passing a data frame f
  • 有没有一种简单的方法可以根据多个标准进行排名,从而保留 R 中的联系?

    当单个标准排序良好时 rank 函数会返回明显的结果 rank c 2 4 1 3 5 1 2 4 1 3 5 当单个标准具有联系时 排名函数 默认情况下 将平均排名分配给联系 rank c 2 4 1 1 5 1 3 0 4 0 1 5
  • kmeans 对分组数据进行聚类

    目前 我尝试在分组数据中找到簇的中心 通过使用示例数据集和问题定义 我能够创建kmeans每个组内的集群 然而 当涉及到给定组的集群的每个中心时 我不知道如何获取它们 https rdrr io cran broom man kmeans
  • 在 mutate 和 across 之后使用 ~separate

    目的是将所有物种 setosa 行转换为一行 setosa 这是一个最小的示例 实际上有更多列和更多组 我有这个数据框 head iris 2 gt select 1 2 5 gt group by Species Sepal Length
  • 使用管道语法处理模型列表

    我经常喜欢拟合和检查与 R 数据框中的两个变量相关的多个模型 我可以使用如下语法来做到这一点 require tidyverse require broom models lt list hp exp cyl hp cyl map df m
  • 连接多个用户的 R 闪亮会话

    最小可重现示例 library shiny ui lt fluidPage actionButton button1 Run 1 actionButton button2 Run 2 server lt function session i
  • 将 RDS 文件从网络(即 URL)直接加载到 R 中?

    read csv 具有直接从 url 读取的出色能力 readRDS 才不是 我想将 RDS 文件从 Internet 移动到我的 R 环境 我看到有几种方法 Method 1 此方法会用下载的文件弄乱工作目录 myurl lt https
  • Django 中的 Rpy2 错误 - 未为“”类型的对象定义转换“py2rpy”

    我以前从未使用过 R 并且正在尝试使用 rpy2 从 python 调用 R 函数 它可以在独立的 python 终端上运行 但不能在 Django 中运行 但rpy2似乎无法将python字符串转换为r对象 我正在使用同事提供的自定义库
  • R:如何找到向量的模式[重复]

    这个问题在这里已经有答案了 下面是我的data frame我想知道每个内存类别 1 到 8 的模式是什么 gt dput d structure list MEMORY1 c 5 5 7 1 5 6 4 5 4 5 5 4 1 5 5 2
  • stat_function 从函数生成平线

    我有以下代码 library ggplot2 f lt function x if x gt 2 1 x 0 3 else 0 graph lt ggplot data frame x c 0 10 aes x graph lt graph
  • 使用自定义渐变填充直方图箱

    我想在 R 和 ggplot2 中创建一个直方图 其中根据连续的 x 值填充箱 大多数教程仅通过离散值或密度 计数进行着色 下列的这个例子 https stackoverflow com questions 40284227 how to
  • 如何有效地将多个光栅 (.tif) 文件导入 R

    我是 R 新手 尤其是在空间数据方面 我正在尝试找到一种方法来有效地将多个 600 单波段栅格 tif 文件导入到 R 中 所有文件都存储在同一文件夹中 不确定这是否重要 但请注意 在我的 Mac 和 Windows 并行 VM 上的文件夹
  • R data.table 连接不等式条件

    我想使用 data table 包根据多个不等式条件对数据进行子集化 data table 手册中的示例展示了如何使用字符变量执行此操作 但不显示数字不等式 我还了解了如何使用子集函数来执行此操作 但我真的很想利用 data table 二
  • 将所有分号替换为空格 pt2

    我尝试对 2000 多行关键字的列表运行文本分析 但它们的列出方式如下 战略 管理风格 组织 所以当我使用 tm 删除标点符号时 它就变成了 组织的战略管理风格 我认为这在某种程度上破坏了我常用术语的分析 我尝试过使用 vector lt
  • R data.table 多个条件连接

    我设计了一种解决方案 用于从两个单独数据表的多个列中查找值 并添加基于新列的值计算 多个条件比较 代码如下 它涉及在计算两个表中的值时使用 data table 和联接 但是 这些表没有联接在我正在比较的列上 因此我怀疑我可能无法获得 da
  • R:ifelse 中的字符串列表

    我正在寻找与 MySQL 中的 where var in 语句类似的东西 我的代码如下 data lt data frame id 10001 10030 cc1 rep c a b c 10 attach data data new lt
  • 如何在R中匹配具有相同主键的两个表中的数据

    我有两个表 其中包含有关人员的数据 df1 lt data frame id c 113 202 377 288 359 name c Alex Silvia Peter Jack Jonny 这为我提供了 id name 1 113 Al
  • dplyr 中的标准评估:全局环境中的函数出现“无法找到函数”错误

    我试图在 dplyr 中对全局环境中的函数使用标准评估 但出现 无法找到函数 错误 这是一些代码 create data frame df lt data frame x rnorm 10 y rnorm 10 define arbitra
  • 按组计算连续行中的值之间的差异

    这是我的一个df 数据框 group value 1 10 1 20 1 25 2 5 2 10 2 15 我需要按组计算连续行中的值之间的差异 所以 我需要一个结果 group value diff 1 10 NA because the
  • 如果条目出现次数少于 x 则删除数据框中的行

    我有以下数据框 称之为 df 它是由三个向量组成的数据框 姓名 年龄 和 邮政编码 df Name Age ZipCode 1 Joe 16 60559 2 Jim 20 60637 3 Bob 64 94127 4 Joe 23 9412

随机推荐

  • 如何正确声明 Font 变量? [复制]

    这个问题在这里已经有答案了 我有一个简单的问题 谁能告诉我这行有什么问题 Font printFont gcnew System Drawing Font Arial 10 我的编译器说 标识符 printFont 无法识别 我还包含命名空
  • 在 Windows 上获取鼠标光标位置和按钮状态

    在 Windows Windows 7 及更高版本 上获取鼠标光标位置或按钮状态的最合适方法是什么 我以前使用过 DirectInput 但我不再使用它并且不想使用它 我看到有 GetCursorPos 但是 我没有看到任何用于获取鼠标按钮
  • NetworkX 中的图排列和旋转

    l 与 Networkx 合作生成某种类型的图表 现在我想排列节点并旋转图形 80 90 120 度 我怎样才能申请排列 and rotation在带有 NetworkX 的图表上 Edit 1 给定图的邻接矩阵 我希望以保留边和顶点链接的
  • 如何从模型中获取 Zend\Db\Adapter 实例? (ZF2)

    我正在创建用于管理数据库实体的抽象模型 我已经有了EntityAbstract EntitySetAbstract and a ManagerAbstract楷模 在我的 ManagerAbstract 模型中 我需要一个Zend Db A
  • 显示键盘后离开应用程序时出现快照错误(需要 afterScreenUpdates:YES)

    我目前正在启动一个新的测试项目 用于通过单独的 模式 视图导入客户端证书 该应用程序始终以 主视图 视图开始 主视图 https i stack imgur com xtFsC png 我有一些虚拟元素来测试连接是否有效 一旦用户将文件添加
  • 如何正确授权对 Google Cloud Storage API 的请求?

    我正在尝试使用 Google Cloud Storage JSON API 通过 http 调用从存储桶中检索文件 我从与存储桶相同的项目中的 GCE 容器中进行卷曲 并且服务帐户具有对该存储桶的读取访问权限 以下是请求的模式 https
  • java.lang.NoSuchMethodError:没有为 HttpClientResponse 执行虚拟方法

    当我在启动后尝试运行该应用程序时 它在 logcat 中显示异常 如下所示 java lang NoSuchMethodError No virtual method execute Lorg apache http client meth
  • 显示和隐藏 Windows 10 屏幕键盘 (osk.exe) 时遇到问题

    我一直在尝试获取屏幕键盘 osk exe 在 Windows 10 上从我的应用程序中出现 和消失 我的应用程序在 Windows 7 中运行良好 ShellExecute on osk exe会在那里显示键盘 但尝试在 Windows 1
  • 确定字符串是否是有效的地理位置

    我有一堆 位置 有些是准确的 哈博罗内 博茨瓦纳 有些是地理编码 40 75 73 997 有些是完全无用的 siliconcape 我需要找到一种方法来运行列表并确定每个字符串和地理编码的城市和国家 地区 并为无效位置返回空值 是否有某种
  • RequireJS:多个 main.js?

    我一直在使用 requireJS 构建一个单页应用程序 到目前为止我很喜欢它 我已经到了在主应用程序之外开发网站其他部分的阶段 但我不太确定如何 或是否 为此使用 requireJS 在我的主应用程序中 一切都是由这个脚本标签触发的
  • python 字典理解如何与内部的 lambda 函数一起工作

    我的目标是使用以下方法聚合 pandas DataFrameGroupBy 对象agg https pandas pydata org pandas docs stable reference api pandas core groupby
  • 组合器可以处理多个映射器的结果吗?

    如果在同一个节点上执行多个映射器 combiner 会合并多个映射器的结果吗 我在文档或书籍中找不到这个问题的答案 我可以找到的组合器示例似乎都产生了影响 即使它只能聚合来自一个映射器的结果 来自雅虎的Hadoop教程 http devel
  • 实体框架 DataContext 问题 - 它是否在我的控制器中得到正确处理?

    我已经收到了一些代码 并且在控制器类中有一个属性保存初始化的数据库上下文 public class MyController Controller protected AssetManagerContext db new AssetMana
  • 传播不可迭代实例的无效尝试

    将不胜感激这里的任何帮助 我有这段代码 每当表单字段收到更改时都会尝试更新我的状态 这在以前版本的 React 中工作得很好 但升级到最新版本后 我收到错误 传播不可迭代实例的尝试无效 我知道我需要使我的国家正常化 我计划这样做 然而 这将
  • ubuntu下gcc 4.5安装问题

    我尝试在 ubuntu 10 04 上安装 gcc 4 5 但失败了 这是一个编译错误 我不知道如何解决 有没有人在ubuntu上成功安装最新的gcc 以下是我的步骤和错误信息 我想知道问题出在哪里 第一步 下载这些文件 gcc core
  • 将 kml 多边形转换为 svg 路径

    我有一个带有地标的 KML 文件 每个地标都有多边形坐标 我想根据我从 json 文件读取的值动态更改多边形的填充颜色 我的理解是谷歌缓存了kml文件 所以你不能轻易地动态改变多边形的填充颜色 所以我试图将我的 kml 多边形转换为 svg
  • 右单撇号与撇号?

    右单引号 U 2019 与 撇号 U 0027 这两个角色有什么区别 我遇到了这个问题 我使用 CAtlString 从资源文件加载字符串 在某些 Windows 安装上 当尝试加载包含 U 2019 的字符串时 LoadString 失败
  • 兼容类型与严格别名规则

    将一种类型转换为另一种类型是 C 中的常见策略 这依赖于 C 结构体的布局具有一定的保证这一事实 GLib等库依靠它来实现类似继承的面向对象 基本上 struct Base int x int y struct Derived struct
  • 在 WordPress 中使用 jQuery UI 对话框

    我知道至少还有另外一篇文章处理这个问题 但答案从未明确给出 我正在 head php 文档中的 WP 子主题中工作 我在头部添加了这个
  • mgm 包中的estimateNetwork 函数存在问题

    我正在尝试使用 mgm 包运行混合图形模型 到目前为止 这是我的代码 我在最后一个命令周围加了星号 这是我似乎无法运行的命令 有人可以建议吗 library haven gt flordiss lt read sav C Users sch