我正在尝试在 ggplot 中绘制一个带有椭圆体的 pca 双图,我在中找到了一个例子这个线程在这里 https://stackoverflow.com/questions/13794419/plotting-ordiellipse-function-from-vegan-package-onto-nmds-plot-created-in-ggplo#_=_.
但是,我无法重现结果。我运行了 Didzis Elfer 解决方案的两个版本,但是df_ell
数据框保持为空。当我运行最后一个命令时:
ggplot(data = NMDS, aes(MDS1, MDS2)) + geom_point(aes(color = group)) +
geom_path(data=df_ell, aes(x=NMDS1, y=NMDS2,colour=group), size=1, linetype=2)
我收到以下错误:Error in FUN(X[[i]], ...) : object 'NMDS1' not found
所以看来这个功能不起作用。这与最新版本的纯素包有关吗?
感谢所有帮助。
很晚了,但我遇到了同样的问题。
检查是否levels(NMDS$group)
返回 NULL。
将分组变量从字符转换为因子确实解决了我的问题。在 Didzis Elfer 的解决方案中,一个简单的
NMDS$group <- as.factor(NMDS$group)
足以让该功能运行。
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