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绘制的 envfit 向量与 NMDS 分数不匹配
我制作了一个 NMDS 图并绘制了我的环境 如下所示 mytable 的数据框 sites c Site A Site B Site C Site D Site E Site F Site G Site H Site I Site J Si
r
vegan
R metaMDS 排序距离
我一直在对不同采样点的丰富物种数据集进行一些排序 我在用metaMDS 素食主义者可以做到这一点 通过此功能 您可以 直接输入群落数据 行中的站点和列中的物种 并指定您希望使用的距离类型 即 jaccard brays curtis euc
r
vegan
vegdist
在 ggplot2 示例中绘制来自 vegan 的 ordiellipse 不起作用
我正在尝试在 ggplot 中绘制一个带有椭圆体的 pca 双图 我在中找到了一个例子这个线程在这里 https stackoverflow com questions 13794419 plotting ordiellipse funct
r
ggplot2
PCA
vegan
基于 step() 的用户定义函数给出: eval(expr, envir, enclos) 中的错误:未找到对象“X”
我正在尝试构建一个包含以下内容的函数ordiR2step 函数从vegan包裹 该函数基于step 功能 这是在函数之外完美运行的代码 install packages vegan require vegan data mite data
r
vegan
R 包的设置数据:vegan
我使用素食主义者从动物计数数据中确定生物多样性指标 目的是查看计数年份之间是否存在差异 即物种数量是否根据年份而减少或增加 数据以矩阵格式设置 如下所示 年是一个字符 其他都是数字 因此 R 应该省略 NA 我设置了如上所示的数据 但大多数
r
dataanalysis
vegan
ggplot2 中的注释不支持换行符是粘贴和解析的命令
Question 如何得到paste and parse in annotate of ggplot2尊重换行符 n 问题和MWE 我正在尝试重现ggplot2使用 NMDS 分析的应力图metaMDS包装内vegan 这是我的 MWE 后
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ggplot2
vegan
在 Vegan 中使用 metaMDS() 没有稳定的解决方案[关闭]
Closed 这个问题是无关 help closed questions 目前不接受答案 我有一个物种丰度数据集 其中有很多零 即使我设置trymax 1000 for metaMDS 该程序无法找到压力的稳定解决方案 我已经尝试过合并数据
r
vegan
Vegan 中的 ANOSIM 不起作用
我正在尝试执行anosim分析于Vegan 但它似乎不起作用 它在 anosim 函数之后没有给出错误 但是当我尝试查看摘要时 它说 sort int x na last na last 递减 递减 中的错误 x 必须是原子的 我的数据看起
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vegan
在 R 中使用plot()时如何摆脱网格?
因此 我使用 R 通过 Vegan 包执行 DCA 去趋势对应分析 每次绘制结果时 我都会在图中间得到一个网格 我想摆脱它 这是我的代码 dca lt decorana dados plot dca type n ann FALSE ori
r
plot
vegan
后续:将 vegan 包中的 ordiellipse 函数绘制到 ggplot2 中创建的 NMDS 图上
我正在尝试做一些类似于旧帖子的事情 绘图 原始帖子 在我的分析中 我感兴趣的是不同的哺乳动物宿主是否有不同的跳蚤群落 我链接到的原始帖子有两种不同的椭圆解决方案 我的问题是 当我运行第一个解决方案和通用解决方案时 我得到的图看起来截然不同
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ggplot2
vegan
如何使用 metaMDS() 获得排序的“物种分数”?
我在用metaMDS 从素食主义者那里进行任命 我的数据是样本 行 乘以变量 列 就我而言 这些列是在血液中测量的分析物 即本身不是 物种 由于我的变量的尺度不同 我使用以下方法转换了数据scale center T scale T 它是一
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vegan