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如何将Rtools\bin添加到R中的系统路径

2024-02-11

我正在运行一个闪亮的应用程序https://github.com/MikeJSeo/SAM https://github.com/MikeJSeo/SAM以及访问它的代码：

install.packages(c("samr", "matrixStats", "GSA", "shiny", "openxlsx"))
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("impute")
library(shiny)
runGitHub("SAM", "MikeJSeo")

该应用程序运行良好，但在尝试保存输出时出现错误。这是我得到的错误：

Warning: Error in : zipping up workbook failed. Please make sure Rtools is installed or a zip application is available to R.
Try installr::install.rtools() on Windows. If the "Rtools\bin" directory does not appear in Sys.getenv("PATH") please add it to the system PATH 
or set this within the R session with Sys.setenv("R_ZIPCMD" = "path/to/zip.exe")

我试过;

Sys.getenv("PATH")

输出是

[1] "C:\\Program Files\\R\\R-3.4.1\\bin\\x64;C:\\ProgramData\\Oracle\\Java\\javapath;C:\\Windows\\system32;C:\\Windows;C:\\Windows\\System32\\Wbem;C:\\Windows\\System32\\WindowsPowerShell\\v1.0\\;C:\\Program Files\\ActivIdentity\\ActivClient\\;C:\\Program Files (x86)\\ActivIdentity\\ActivClient\\;C:\\Program Files (x86)\\Addinsoft\\XLSTAT\\;C:\\Windows\\System32\\WindowsPowerShell\\v1.0\\;C:\\Windows\\System32\\WindowsPowerShell\\v1.0\\"

假设我的错误出现是因为我没有“Rtools\bin”目录。我努力了，

Sys.setenv("R_ZIPCMD" = "mypath/to/zip.exe")

但不是运气。那么我该如何纠正这个问题呢？


这解决了我的问题。

library(devtools)
Sys.setenv(PATH = paste("C:/Rtools/bin", Sys.getenv("PATH"), sep=";"))
Sys.setenv(BINPREF = "C:/Rtools/mingw_$(WIN)/bin/")
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