ggsignif 包错误 stat_signif 需要以下缺失的美观： y

这是我的数据的发明示例：

x <- c("Control", "Case", "Case", "Case", "Control", "Control", "Control", "Case", "Case", "Case")
y <- c("Dead", "Dead", "Dead", "Alive", "Alive", "Dead", "Dead", "Dead", "Alive", "Dead")

我试图以条形图的形式表示这些数据，然后表明两个实验组（病例和对照组）之间的存活和死亡患者比例存在统计显着差异。我进行了 Pearson 卡方检验，p 值为 4.674e-06。

这是我的情节代码：

library(ggsignif)

ggplot(data, aes(x = data$x,
             fill = data$y)) + 
geom_bar(aes(y = stat(count/sum(count))), position = position_dodge(0.9)) + 
theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5)) +
ylim(c(0, 0.4)) +
labs(x = NULL, y = "Proportion", fill = NULL) +
scale_x_discrete(labels = c("Control", "Case")) +
geom_signif(comparisons = list(c("Control", "Case"), map_signif_level = TRUE))

但后来我得到：

Error: stat_signif requires the following missing aesthetics: y

谁能告诉我为什么会发生这种情况以及如何解决它？

Thanks

如错误消息所示，geom_signif需要一个y审美，而你没有具体说明。

要么移动y = stat(count/sum(count)) from geom_bar符合您的全球审美，或将其添加到geom_signif的美学。

接下来，修复你的审美观：而不是data$x and data$y, use x and y。此外，你有一个错误geom_signif: map_signif_level = TRUE需要是outside the comparisons.

最后，geom_signif似乎无法使用美学中的计算统计数据。所以你需要事先计算这个统计数据，例如通过 dplyr:

data %>%
    group_by(x) %>%
    count(y) %>%
    mutate(Freq = n / sum(n)) %>%
    ggplot() +
    aes(x, Freq, fill = y) +
    geom_col(position = position_dodge(0.9)) +
    geom_signif(
        comparisons = list(c("Control", "Case")),
        map_signif_level = TRUE
    )