我有一个包含大约 700 个文本文件的文件夹,我想要导入这些文件并向其中添加一列。我已经弄清楚如何使用以下代码来做到这一点:
files = list.files(pattern = "*c.txt")
DF <- NULL
for (f in files) {
data <- read.table(f, header = F, sep=",")
data$species <- strsplit(f, split = "c.txt") <-- (column name is filename)
DF <- rbind(DF, data)
}
write.xlsx(DF,"B:/trends.xlsx")
问题是,大约有 100 个文件是空的。所以代码在第一个空文件处停止,我收到此错误消息:
Error in read.table(f, header = F, sep = ",") :
no lines available in input
有没有办法跳过这些空文件?
您可以通过检查来跳过空文件file.size(some_file) > 0
:
files <- list.files("~/tmp/tmpdir", pattern = "*.csv")
##
df_list <- lapply(files, function(x) {
if (!file.size(x) == 0) {
read.csv(x)
}
})
##
R> dim(do.call("rbind", df_list))
#[1] 50 2
这会跳过 10 个空文件,并读取另外 10 个非空文件。
Data:
for (i in 1:10) {
df <- data.frame(x = 1:5, y = 6:10)
write.csv(df, sprintf("~/tmp/tmpdir/file%i.csv", i), row.names = FALSE)
## empty file
system(sprintf("touch ~/tmp/tmpdir/emptyfile%i.csv", i))
}
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