使用 igraph 在 R 中进行 Louvain 社区检测 - 分配交替的组成员资格分配

我一直在使用 igraph 在 R 中运行 Louvain 社区检测，感谢我之前查询的这个答案。 https://stackoverflow.com/questions/49834827/louvain-community-detection-in-r-using-igraph-format-of-edges-and-vertices/49842663#49842663然而，我发现cluster_louvain方法似乎在分配组成员身份方面做了一些奇怪的事情，我认为这是由于我导入数据的方式出现错误。虽然我认为我解决了这个问题，但我想了解问题是什么。

我在 400x400 相关矩阵（即 400 个人的相关得分）上运行了 Louvain 聚类。当我最初导入数据时，我的相关矩阵的行标题和列标题具有相同的个人 ID 号（即顶点号），如下所示：

    1     2     3     4   ... 400 
1   0     0.8   0.7   0.1 
2   0.8   0     0.6   0.3
3   0.7   0.6   0     0.9
4   0.1   0.3   0.9   0                    
...
400                          

该相关矩阵保存在“Correlations.csv”文件中，我使用该文件导入read.csv。然后，我使用下面的代码将其转换为距离矩阵，删除低于特定阈值的相关性，将其转换为 igraph 的邻接矩阵，然后运行 ​​cluster_louvain：（答案中也提供了此代码here https://stackoverflow.com/questions/49834827/louvain-community-detection-in-r-using-igraph-format-of-edges-and-vertices/49842663#49842663).

correlationmatrix <- read.csv("Correlations.csv", header = TRUE, 
row.name = 1, check.names = FALSE)

distancematrix <- cor2dist(correlationmatrix)
DM2<- as.matrix(distancematrix)
DM2[correlationmatrix < 0.33] = 0

G2 <- graph.adjacency(DM2, mode = "undirected", weighted = TRUE, diag = TRUE)
clusterlouvain <- cluster_louvain(G2)

sizes(clusterlouvain)
Community sizes
1  2
200 200

然后我想获取每个 ID 号旁边的簇号，以了解哪个个体属于每个社区。在顶点 ID 列表中，它们旁边的成员资格被列为“1 2 1 2 1 2 1 2”，这显然是不正确的（因为我们不希望数据集中的每个替代个体都被分配到不同的社区）：

IDs_cluster <- cbind(V(G2)$name, clusterlouvain$membership)
IDs_cluster

ID  Membership
1   1
2   2 
3   1
4   2
5   1
6   2
…
400 2

通过查看其他数据集，我意识到问题可能是因为相关矩阵中的行标题是数字。所以我更改了相关矩阵，使行标题仍然是 ID 号，但列标题是“V1-V400”：

    V1    V2    V3    V4   ... V400 
1   0     0.8   0.7   0.1 
2   0.8   0     0.6   0.3
3   0.7   0.6   0     0.9
4   0.1   0.3   0.9   0                    
...
40

我将其导入为 .csv 文件并重新运行“cluster_louvain”，如下所示：

correlationmatrix_V <- read.csv("Correlations_withV.csv", header = TRUE,
row.name = 1, check.names = FALSE)

distancematrix_V <- cor2dist(correlationmatrix_V)
DM2_V <- as.matrix(distancematrix_V)
DM2_V[correlationmatrix_V < 0.33] = 0

G2_V <- graph.adjacency(DM2_V, mode = "undirected", weighted = TRUE, diag = TRUE)
clusterlouvain_V <- cluster_louvain(G2_V)

现在当我重新运行时cluster_louvain，它生成了三个集群的更合理的结果，每个集群的组成员资格看起来更像我们所期望的：

sizes(clusterlouvain_V)
Community sizes
1     2    3
168 52 180

IDs_cluster <- cbind(V(G2_V)$name, clusterlouvain_V$membership)
View(IDs_cluster)
ID  Membership
1   1
2   1 
3   3
4   2
5   2
6   2
…
400 1

我的问题是：是否可以澄清使用相同的行和列标题时发生的情况，这意味着组成员资格被分配给备用个人（即 ID 列表中的“1 2 1 2”，如第一个示例中所示），但在以下情况下得到解决：将列标题更改为非数字格式（如第二个示例中所示）？

这可能是一个简单的错误，因为当使用“read.csv”导入相关矩阵的 .csv 时，我没有使用正确的设置，因为我的列标题也是数字。

但是，我想了解为什么这意味着“cluster_louvain”以这种方式分配组成员资格。我发布这篇文章是为了如果有人犯了我上面犯的同样的错误，它可能会有用。欢迎任何见解，感谢您的建议！