具有彩色高度的 3D 瀑布图

2024-03-12

我正在尝试使用 Python 和 Matplotlib 以 3D 方式可视化一个数据集,该数据集由 x-z 数据的时间序列(沿 y)组成。

我想创建一个像下面这样的图(这是用 Python 制作的:http://austringer.net/wp/index.php/2011/05/20/plotting-a-dolphin-biosonar-click-train/ http://austringer.net/wp/index.php/2011/05/20/plotting-a-dolphin-biosonar-click-train/),但颜色随 Z 变化 - 即为了清楚起见,强度由颜色图以及峰高显示。

An example showing the colormap in Z is (apparently made using MATLAB): enter image description here

这种效果可以使用 MATLAB 中的瀑布图选项来创建,但据我所知,Python 中没有直接等效的方法。

I have also tried using the plot_surface option in Python (below), which works ok, but I'd like to 'force' the lines running over the surface to only be in the x direction (i.e. making it look more like a stacked time series than a surface). Is this possible? enter image description here

非常欢迎任何帮助或建议。谢谢。


我已经生成了一个在 matplotlib 中复制 matlab 瀑布行为的函数,但我认为在性能方面它不是最佳解决方案。

我从 matplotlib 文档中的两个示例开始:多色线 https://matplotlib.org/gallery/lines_bars_and_markers/multicolored_line.html and 3d 绘图中的多条线 https://matplotlib.org/examples/mplot3d/polys3d_demo.html。从这些示例中,我只看到可以根据示例中的 z 值绘制颜色随给定颜色图变化的线条,该示例正在重塑输入数组以按 2 点的线段绘制线并将线段的颜色设置为2 点之间的 z 平均值。

因此,给定输入矩阵n,m矩阵X,Y and Z,该函数循环遍历之间的最小维度n,m像示例中那样,通过 2 个点段绘制每条线,其中按段绘制的重塑是使用与示例相同的代码重塑数组来完成的。

def waterfall_plot(fig,ax,X,Y,Z):
    '''
    Make a waterfall plot
    Input:
        fig,ax : matplotlib figure and axes to populate
        Z : n,m numpy array. Must be a 2d array even if only one line should be plotted
        X,Y : n,m array
    '''
    # Set normalization to the same values for all plots
    norm = plt.Normalize(Z.min().min(), Z.max().max())
    # Check sizes to loop always over the smallest dimension
    n,m = Z.shape
    if n>m:
        X=X.T; Y=Y.T; Z=Z.T
        m,n = n,m

    for j in range(n):
        # reshape the X,Z into pairs 
        points = np.array([X[j,:], Z[j,:]]).T.reshape(-1, 1, 2)
        segments = np.concatenate([points[:-1], points[1:]], axis=1)        
        lc = LineCollection(segments, cmap='plasma', norm=norm)
        # Set the values used for colormapping
        lc.set_array((Z[j,1:]+Z[j,:-1])/2)
        lc.set_linewidth(2) # set linewidth a little larger to see properly the colormap variation
        line = ax.add_collection3d(lc,zs=(Y[j,1:]+Y[j,:-1])/2, zdir='y') # add line to axes

    fig.colorbar(lc) # add colorbar, as the normalization is the same for all, it doesent matter which of the lc objects we use

因此,可以使用与 matplotlib 曲面图相同的输入矩阵轻松生成看起来像 matlab 瀑布图的图:

import numpy as np; import matplotlib.pyplot as plt
from matplotlib.collections import LineCollection
from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D

# Generate data
x = np.linspace(-2,2, 500)
y = np.linspace(-2,2, 40)
X,Y = np.meshgrid(x,y)
Z = np.sin(X**2+Y**2)
# Generate waterfall plot
fig = plt.figure()
ax = fig.add_subplot(111, projection='3d')
waterfall_plot(fig,ax,X,Y,Z) 
ax.set_xlabel('X') ; ax.set_xlim3d(-2,2)
ax.set_ylabel('Y') ; ax.set_ylim3d(-2,2)
ax.set_zlabel('Z') ; ax.set_zlim3d(-1,1)

该函数假设在生成网格时,x数组是最长的,默认情况下,行的 y 坐标是固定的,而 x 坐标是变化的。但是,如果 y 维度的大小较大,则矩阵会转置,生成具有固定 x 的线。因此,生成尺寸反转的网格(len(x)=40 and len(y)=500)产量:

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