我很难理解为什么ggplot
and plot
相同数据生成略有不同的图。ggplot
包括顶部的 inf 值,而plot
isn't.
with(geneFDR, plot(log2(FC), -log10(FDR), pch=20, main="FDR vs. Real FC",
col=geneFDR$FDRColor))
ggplot(data=geneFDR, aes(x=log2(FC), y=-log10(FDR), color=FDRFCthreshold)) +
geom_point(alpha=0.4, size=1.75) +
ggtitle("FDR vs. Real Fold Change") +
xlab("log2 Real Fold Change") + ylab("-log10(FDR)")
inf 值的来源:
min(geneFDR$FDR)
[1] 0
max(geneFDR$FDR)
[1] 0.009883703
min(-log10(geneFDR$FDR))
[1] 2.00508
max(-log10(geneFDR$FDR))
[1] Inf
默认如何plot
函数处理 inf 值的方式与ggplot
?
try
scale_y_continuous(oob=scales::discard)
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