ggplot 和plot 如何以不同的方式处理 inf 值?

2024-03-18

我很难理解为什么ggplot and plot相同数据生成略有不同的图。ggplot包括顶部的 inf 值,而plot isn't.

with(geneFDR, plot(log2(FC), -log10(FDR), pch=20, main="FDR vs. Real FC",
col=geneFDR$FDRColor))
ggplot(data=geneFDR, aes(x=log2(FC), y=-log10(FDR), color=FDRFCthreshold)) +
  geom_point(alpha=0.4, size=1.75) +
  ggtitle("FDR vs. Real Fold Change") +
  xlab("log2 Real Fold Change") + ylab("-log10(FDR)")

inf 值的来源:

min(geneFDR$FDR)
[1] 0
max(geneFDR$FDR)
[1] 0.009883703

min(-log10(geneFDR$FDR))
[1] 2.00508
max(-log10(geneFDR$FDR))
[1] Inf

默认如何plot函数处理 inf 值的方式与ggplot?


try

scale_y_continuous(oob=scales::discard)
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