R：尝试根据另一个数据框的位置来计算一个数据框中的货币数量

我有两个数据框，X and Y.

X <- data.frame(V1 = c("chr1", "chr1", "chr1", "chr2", "chr2", "ch2"),
                Start = c(0, 540, 920, 0, 582, 715 ),
                Stop = c(230, 720, 1270, 350, 635, 950))

Y <- data.frame(V1 = c("chr1", "chr1", "chr1", "chr2", "chr2", "ch2"),
                Start = c(3, 16, 180,
                          15, 585, 800 ),
                Stop = c(15, 24, 201,
                         102, 612, 850))

我想获取一个data.frameZ这是一个新的 data.frame，其信息为X和计数Y每个“X”行的范围之间。例如，您可以计算 3 行“Y”，它们位于 chr1 中第一行“X”的范围之间，因此该行的“Z”中有 3。

Z <- data.frame(V1 = c("chr1", "chr1", "chr2", "chr2", "chr2", "ch2"),
                Start = c(0, 540, 920, 0, 582, 715 ),
                Stop = c(230, 720, 1270, 350, 635, 950),
                Count = c(3, 0, 0, 1, 1, 1))

我希望得到一些帮助，因为直到今天，如果“X”数据集只有一行，我只能打印行数，但我不知道如何实现我的目标。我想我必须使用一些条件语句加上 for 循环来迭代“X”的行，但我不知道该怎么做。

我尝试过的：

1. 尝试计算与“Y”中只有一行匹配条件的行数：

   nrow(Y[Y$Start >= X$Start & Y$Stop <= X$Stop, ])

当“X”中只有 1 行时有效，但当我尝试在 for 循环中实现它时无效。

你可以使用tidyverse包裹。

首先我建议选择该选项stringsAsFactors = FALSE.

X <- data.frame(V1 = c("chr1", "chr1", "chr1", "chr2", "chr2", "ch2"),
                Start = c(0, 540, 920, 0, 582, 715 ),
                Stop = c(230, 720, 1270, 350, 635, 950), stringsAsFactors = F)

Y <- data.frame(V1 = c("chr1", "chr1", "chr1", "chr2", "chr2", "ch2"),
                Start = c(3, 16, 180,
                          15, 585, 800 ),
                Stop = c(15, 24, 201,
                         102, 612, 850), stringsAsFactors = F)



library(tidyverse)
X %>%
  mutate(count = pmap_int(list(V1, Start, Stop), ~filter(Y, V1 == ..1,  Start >= ..2, Stop <=..3) %>% nrow))

    V1 Start Stop count
1 chr1     0  230     3
2 chr1   540  720     0
3 chr1   920 1270     0
4 chr2     0  350     1
5 chr2   582  635     1
6  ch2   715  950     1