程序员经验分享-hwhale

使用 OpenBLAS 构建 R

2024-03-26

我正在尝试构建 R-devel / R-patched。我读过一些链接，与执行此操作的步骤相关。

1) https://www.r-bloggers.com/2022/01/building-r-4-2-for-windows-with-openblas/
2) https://www.r-bloggers.com/2020/05/building-r-4-for-windows-with-openblas/
3) https://github.com/r-windows/r-base

但不幸的是，没有任何成功。

在“1”中，我没有“Makefile.win”，也没有带有“-lf77blas -latlas”的文件 在“2”中手动创建的“full-build.sh”脚本不执行任何操作。 在“3”中我有一个错误Use_ATLAS=YES

installing 'sysdata.rda'
make[3]: *** [../../../share/make/basepkg.mk:151: sysdata] Error 127
make[2]: *** [Makefile.win:22: all] Error 2
make[1]: *** [Makefile.win:32: R] Error 1
make: *** [Makefile:18: all] Error 2

此错误与 basepkg.mk 中的这一行有关：

@$(ECHO) "tools:::sysdata2LazyLoadDB(\"$(srcdir)/R/sysdata.rda\",\"$(top_builddir)/library/$(pkg)/R\")" | \
  R_DEFAULT_PACKAGES=NULL LC_ALL=C $(R_EXE)

那么，有人可以帮助我吗？这3种方式有什么问题吗？如何正确构建 R devel（如果可能的话使用安装文件）？也可以使用 AMD BLIS 库来编译它（我有 Ryzen 9 5950x）。

谢谢。

附：我使用 Windows 11 和 winlibs 中的 gcc-12.02 附言如果可能的话，请添加使用 AMD BLIS 构建 R 的方法...


1) https://cran.r-project.org/bin/windows/base/howto-R-devel.html # the canonical guide for compiling R-devel on Windows using Rtools
2) https://www.r-bloggers.com/2022/01/building-r-4-2-for-windows-with-openblas/ # adapt parts of this guide to get openblas with R

按照上述 2 个链接，以下是一些基本步骤：

1.安装Rtools43

(i) Download https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/rtools43/files/rtools43-5493-5475.exe; (ii) 将其安装到默认位置（即C:\rtools43)

2.安装MikTeX和Inno Setup

需要 MikTeX（带有基本包和 inconsolata）来构建包插图和文档。构建 R 安装程序需要 Inno Setup。

3. 一般设置

  1. 运行 Msys2 shell (c:/rtools43/msys2.exe)

  2. 建立一个文件夹来存储源文件：mkdir /c/R-devel

  3. 更新Msys2：pacman -Syuu它可能首先只更新核心内容，然后要求您关闭终端。您应该按照说明进行操作，然后重新启动 Msys2 shell 并重新运行pacman -Syuu第二次完全更新所有组件

  4. 安装 wget 和 subversion：pacman -Sy wget subversion

  5. 将工作目录更改为步骤 3.2 中创建的文件夹：cd /c/R-devel

  6. 从以下位置获取最新的 Tcl/Tk 包here https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/rtools43/files/，一个名为的文件，例如tcltk-5493-5412.zip:

     TCLBUNDLE=tcltk-5493-5412.zip
 wget https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/rtools43/files/$TCLBUNDLE

  7. 获取最新的 R 版本 (R-devel)，并解压 Tcl：

     svn checkout https://svn.r-project.org/R/trunk
 cd trunk
 unzip ../$TCLBUNDLE

4. 添加一个MkRules.local in /c/R-devel/trunk/src/gnuwin32/

您可以使用 Notepad++ 创建一个新的MkRules.local包含以下内容的文件（edit ISDIR = ...到步骤 2 中的相应目录):

USE_ATLAS = YES
EOPTS = -march=native -pipe
QPDF = /usr
ISDIR = C:/Program Files (x86)/Inno Setup 6

5. 调整/c/R-devel/trunk/src/extra/blas/Makefile.win

您可以使用Notepad++更改行-L../../../$(IMPDIR) -lR -L"$(ATLAS_PATH)" -lf77blas -latlas to -L../../../$(IMPDIR) -lR -fopenmp -lopenblas

-          -L../../../$(IMPDIR) -lR  -L"$(ATLAS_PATH)" -lf77blas -latlas
+          -L../../../$(IMPDIR) -lR -fopenmp -lopenblas

6. 编译R

  1. 运行 Msys2 shell 并更改到适当的工作目录：cd /c/R-devel/trunk/src/gnuwin32/

  2. 设置环境变量如下（在以下命令中更新 MiKTeX 安装目录):

     export PATH=/x86_64-w64-mingw32.static.posix/bin:$PATH
 export PATH=/c/Users/xxxxxxxx/AppData/Local/Programs/MiKTeX/miktex/bin/x64/:$PATH
 export TAR="/usr/bin/tar"
 export TAR_OPTIONS="--force-local"

  3. 测试工具是否可用：which make gcc pdflatex tar

  4. 构建 R 安装程序：

     make rsync-recommended
 make distribution

  5. 安装程序可在以下位置获取：/c/R-devel/trunk/src/gnuwin32/installer/R-devel-win.exe

7. 测试我们的 R 编译是否使用 OpenBLAS

以下R代码 https://stackoverflow.com/a/42854705/9454926与从 CRAN 下载的 Windows 版标准 R 相比，运行速度应该快得多：

m <- 10000
n <- 2000
A <- matrix (runif (m*n),m,n)
system.time (S <- svd (A,nu=0,nv=0))

user  system elapsed 
4.02    0.65    7.83
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