如何从字符串列表文件中 grep 精确匹配

2024-03-27

我有一个文件 A,其中有一列,其中包含如下字符串列表:

ADAMTS9
AIP
....

我想使用文件 A 中的字符串来 grep 文件 B 中包含它们的行,文件 B 如下所示:

chr13   50571142        50592603        ADAMTS9  21461   +
chr19   50180408        50191707        AIP   11299   +
chr19   50180408        50193000        AIP-S1   6532    -

我用过了:

grep -F -i -w -f A B 

它能够 grep 以上所有 3 行。但是,我只想对前两行进行 grep 编辑,而带有 AIP-S1 的第三行与 AIP 并不完全匹配。

有人可以告诉我如何修复命令来做到这一点吗?

Thanks.


您可以使用 awk 代替:

awk 'FNR==NR{a[$1];next} ($4 in a)' A B
chr13   50571142        50592603        ADAMTS9  21461   +
chr19   50180408        50191707        AIP   11299   +

或者在任何字段中搜索:

awk 'FNR==NR{a[$1];next} {for (i=1; i<=NF; i++) if ($i in a) print}' A B
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