程序员经验分享-hwhale

使用 fread、data.table 包读取链 (+, -) 列

2024-03-29

我正在尝试使用 fread 将基因组比对读入data.table在 R 中。这是对齐文件的快照：

USI-EAS28:1:100:1786:674#0/1    +   1_maternal  68326824      CTCAATTATACTGAAAGAAACACAATATATCATA    IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII  0   
USI-EAS28:1:100:1786:940#0/1    +   16_maternal 11407541    CTATTAGTGACCTGCTGTGGGACCTTGGGATGGT  IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII  0   
USI-EAS28:1:100:1786:705#0/1    +   1_maternal  63849584    CTGAGGGTTTGTGTCAGGAAGGGGTGTGGAATTG  IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII  0   0:T>C
USI-EAS28:1:100:1786:1168#0/1   -   5_maternal  31381649    GCATCATTCATGAAACAATTTTCAAGAGAGGAAA  IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII  0   
 USI-EAS28:1:100:1787:582#0/1   +   10_maternal 54587781    CTACAATAATAATAGGGGACTAAAACACCCCACT  IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII  0   
 USI-EAS28:1:100:1787:62#0/1    +   10_maternal 70390747     CTATTTGCTACTGAATTGTTAATTTTAAAACAGT IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII  0   
 USI-EAS28:1:100:1788:573#0/1   -   7_maternal  92583837     CACTGTCAACATTAGACAGACCAATGAGACAAAG IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII  0   
 USI-EAS28:1:100:1788:854#0/1   +   7_maternal  129611206    GTTTGTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCATTTT IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII  0   32:C>T
 USI-EAS28:1:100:1788:185#0/1   -   13_maternal 23694307    CAAACAAACTCAAAATGGACTATCGACTGAAAAA  IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII  0   
 USI-EAS28:1:100:1788:1339#0/1  -   13_maternal 33699510    TTAACTCTAGTTTTTAGGGATTGCAAATTAGACG  IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII  0   0:A>G

第二列报告读取对齐的链（+是向前的，-是相反的）。不幸的是，fread 试图将此列读取为整数，并始终将值分配为 0。就此而言，该列应被读取为字符，甚至布尔值。尝试玩弄争论sep and sep2没有帮助。


感谢您的报告。现在已在 v1.8.9 提交 849 中修复。+ and -现在被读取为字符，添加了测试。

顺便说一句，我们还打算添加colClasses这样您就可以覆盖列类型fread检测到。与以下相关的未完成待办事项清单fread位于源文件的顶部：

本文内容由网友自发贡献，版权归原作者所有，本站不承担相应法律责任。如您发现有涉嫌抄袭侵权的内容，请联系:hwhale#tublm.com(使用前将#替换为@)

r

dataTable

使用 fread、data.table 包读取链 (+, -) 列 的相关文章

  • DataTable.GetChanges() 不断返回 NULL

    我正在尝试获取存在于的所有行allData但不在removeData public static DataTable RemoveDuplicateRows DataTable allData DataTable removeData re

  • 使用点阵个性化 R 上显示的 X 轴值

    我收集了大量包含日期 客户端及其 NFS 使用情况的数据 我正在使用lattice R包进行绘图 正如对超级用户的建议 https superuser com questions 523195 plot custom log data on

  • R：如何将字符/数字转为1，NA转为0？

    有没有一种简单的方法可以将列的字符 数字变为 1 将 NA 变为 0 这里有一些示例数据 我想将其应用于 3 4 structure list Item Code c 176L 187L 191L 201L 217L 220L Item x

  • 使用数据帧的 R 中的 EWMA 波动性

    我正在尝试从一系列股票每日收益中获取 EWMA 波动性 这些收益来自一个名为base retorno diario Data IBOV ABEV3 AEDU3 ALLL3 BBAS3 BBDC3 BBDC4 1 2000 01 04 0 0

  • 将维基百科中的表格加载到 R 中

    我正在尝试从以下 URL 将最高法院法官表加载到 R 中 https en wikipedia org wiki List of Justices of the Supreme Court of the United States http

  • StatET调试工具

    我想我只是很密集 但我似乎无法弄清楚如何在 Eclipse 中的 R 中使用调试工具 StatET 插件 有人有关于这个主题的任何提示或教程吗 StatET 2 00 现在对高级 可视化调试提供实验性支持 需要 Eclipse 3 6 或

  • 自定义轴缩放后 ggplot2 缺少标签

    我正在尝试使用我的 x 轴应用自定义缩放ggplot2 and scales trans new 但是 当我这样做时 一些轴标签丢失了 有人可以帮我弄清楚为什么吗 Setup library tidyverse the data ds lt

  • 无法编译包“maps”

    当我安装 maps 包时 安装中出现警告 ld warning ignoring file Library Developer CommandLineTools SDKs MacOSX10 14 sdk usr lib libSystem

  • 更改 R 中 ggplot geom_polygon 的颜色方案

    我正在使用地图库和 ggplot 的 geom polygon 创建地图 我只是想将默认的蓝色 红色 紫色配色方案更改为其他颜色 我对 ggplot 非常陌生 所以如果我没有使用正确的数据类型 请原谅 我使用的数据如下所示 gt head

  • R 数据结构的运算效率

    我想知道是否有任何关于操作效率的文档R 特别是那些与数据操作相关的 例如 我认为向数据框添加列是有效的 因为我猜您只是向链接列表添加一个元素 我想添加行会更慢 因为向量保存在数组中C level你必须分配一个新的长度数组n 1并将所有元素复

  • 条件和分组 mutate dplyr

    假设我有以下每个抽屉库存增加的数据 gt socks year drawer nbr sock total 1990 1 2 1991 1 2 1990 2 3 1991 2 4 1990 3 2 1991 3 1 我想要一个二进制变量来标

  • 安装 2.15 后 ggplot2 中的 alpha 通道不起作用

    更新到 R 2 15 后 ggplot 中的 alpha 通道似乎不再起作用 plot rnorm 100 rnorm 100 bg cc000055 pch 21 工作得很好但是 qplot rnorm 100 rnorm 100 col

  • 使用data.table进行聚合

    经过 SO 用户的多次建议后 我终于尝试将我的代码转换为使用data table library data table DT lt data table plate paste0 plate rep 1 2 each 5 id rep c

  • 如何使用plotmath更新ggplot图例标签

    我正在尝试更新ggplot要使用的图例标签plotmath但是 当我这样做时 它将之前组合的图例分成两部分 通过一个例子可能更容易理解 test data and the default plot gives the correct col

  • 斯皮尔曼相关性和联系

    我正在一小组配对排名上计算斯皮尔曼的 rho 斯皮尔曼因处理领带不当而闻名 例如 取2组8个排名 即使两组中有6个是平局 相关性仍然很高 gt cor test c 1 2 3 4 5 6 7 8 c 0 0 0 0 0 0 7 8 met

  • ggplot 的每个方面都有不同的 `geom_hline()`

    这个问题在这里已经有答案了 library tidyverse ggplot mpg aes cty hwy geom point facet grid year fl geom hline yintercept mean mpg hwy

  • 使用非标准评估公式

    我正在创建一个使用的包非标准评价 http adv r had co nz Computing on the language html跟踪列的含义 该包在函数之间传递数据框 这些函数执行同一组列的各种操作 非标准评估对此非常有用 my s

  • 将文件名附加到 R 中的数据框

    我想将文件名附加到我的表中 但它似乎并没有真正起作用 我正在做的是迭代文件名列表 打开它们 将所有数据附加到一个数据帧 对于每个附加文件 我想添加其文件名 我希望将其附加到每一行 以便稍后当我查看数据时 我会知道给定行源自哪个文件 但似乎并

  • Linux 中的 R 有哪些可用的 IDE？ [关闭]

    Closed 这个问题不符合堆栈溢出指南 help closed questions 目前不接受答案 Linux 中的 R 有哪些好的 IDE 我尝试过 Rcmdr 和 Eclipse 但似乎都不具有与 Windows 中的 Tinn R

  • ggplot2 的 fortify 函数出错

    我在 ggplot2 中使用 fortify 方法时收到此错误 Error in function classes fdef mtable unable to find an inherited method for function pr

随机推荐