Conda 环境中出现意外的 Python 路径

在 Conda 环境中（base在这里），我对 Python 路径中的目录顺序感到惊讶：

python -c "import sys; print(sys.path)"
['', 
'/export/projects/III-data/wcmp_bioinformatics/db291g/miniconda3/lib/python37.zip',
'/export/projects/III-data/wcmp_bioinformatics/db291g/miniconda3/lib/python3.7',
'/export/projects/III-data/wcmp_bioinformatics/db291g/miniconda3/lib/python3.7/lib-dynload',
'/export/home/db291g/.local/lib/python3.7/site-packages',
'/export/projects/III-data/wcmp_bioinformatics/db291g/miniconda3/lib/python3.7/site-packages']

如您所见，我本地的非 Conda 路径：

/export/home/db291g/.local/lib/python3.7/site-packages

出现在 Conda 对应项之前：

/export/projects/III-data/wcmp_bioinformatics/db291g/miniconda3/lib/python3.7/site-packages

这意味着Python包安装在miniconda3/lib/python3.7/site-packages如果它们也出现在.local/lib/python3.7/site-packages。事实上，在.local/lib/python3.7/site-packages I have numpyv1.20，但在Conda环境中我需要v1.19，它已正确安装，但被v1.20取代。这似乎违背了使用 Conda 的意义。

我的配置有问题还是我在这里遗漏了一些东西？

一些信息：

which python
/export/projects/III-data/wcmp_bioinformatics/db291g/miniconda3/bin/python

python -V
Python 3.7.12

which conda
/export/projects/III-data/wcmp_bioinformatics/db291g/miniconda3/bin/conda

conda --version
conda 4.11.0

这是预期的行为（请参阅PEP 370 https://www.python.org/dev/peps/pep-0370/）以及部分原因Anaconda 建议不要安装用户级包 https://www.anaconda.com/blog/using-pip-in-a-conda-environment.

The site module https://docs.python.org/3/library/site.html#module-site负责设置sys.path当Python初始化时。代码在site.py https://github.com/python/cpython/blob/e480def027b68a570dc0c2e235463842373dc741/Lib/site.py#L603在附加前缀站点之前专门附加用户站点，这就是导致这种优先级的原因。动机根据PEP 370 https://www.python.org/dev/peps/pep-0370/是用户将在系统级别安装Python，但希望优先考虑在用户级别安装的包，因此用户站点应在前缀站点之前加载。

Options

有多种选项可以避免加载用户级站点包。

1：环境变量

环境变量PYTHONNOUSERSITE将切换用户级别的加载site-packages。即，

PYTHONNOUSERSITE=1 python -c "import sys; print(sys.path)"

2：Python-s flag

或者，Python 二进制文件有一个-s专门禁用用户级站点包的参数。

python -s -c "import sys; print(sys.path)"

3：删除（并避免将来）用户级安装

康达建议 https://docs.conda.io/projects/conda/en/latest/user-guide/tasks/manage-environments.html#using-pip-in-an-environment是为了避免pip install --user完全，这将被解释为应该删除~/.local/lib/python*系统中的文件夹。

4：自动化Conda环境变量

康达锻造包

Conda Forge 包conda-ecosystem-user-package-isolation https://github.com/conda-forge/conda-ecosystem-user-package-isolation-feedstock会自动设置PYTHONNOUSERSITE=1在环境激活期间。

如果您希望所有环境默认都具有这种隔离，请考虑将其添加到create_default_packages配置清单：

conda config --add create_default_packages conda-ecosystem-user-package-isolation

请注意，这个包还设置了R_LIBS_USER="-"，将任何 R 环境与用户级包隔离。

替代套餐

如果您想要更精细的选项，我还创建了单独的包，仅设置PYTHONNOUSERSITE=1 https://github.com/mfansler/envvar-pythonnousersite-true and PYTHONPATH="" https://github.com/mfansler/envvar-pythonpath-null环境变量，可以通过以下方式安装：

## set PYTHONNOUSERSITE=1
conda install merv::envvar-pythonnousersite-true

## clear PYTHONPATH
conda install merv::envvar-pythonpath-null