R data.table 在导出函数中中断

我在让 data.table 在 roxygen2 导出函数中工作时遇到问题。

这是一个名为 foo.R （位于我的包的 R 目录中）的文件中的一个简单的假函数，它使用 data.table：

#' Data.table test function
#' @export
foo <- function() {
  m <- data.table(c1 = c(1,2,3))
  print(is.data.table(m))
  m[,sum(c1)]
}

如果我将此函数复制并粘贴到 R 中，则该函数可以正常工作：

> foo <- function() {
+   m <- data.table(c1 = c(1,2,3))
+   print(is.data.table(m))
+   m[,sum(c1)]
+ }
> foo()
[1] TRUE
[1] 6

但如果我只是加载导出的函数，R 会认为 data.table 是一个 data.frame 并中断：

> rm(foo)
> load_all()
Loading test_package
> foo
function() {
  m <- data.table(c1 = c(1,2,3))
  print(is.data.table(m))
  m[,sum(c1)]
}
<environment: namespace:test_package>
> foo()
[1] TRUE
Error in `[.data.frame`(x, i, j) : object 'c1' not found

这是怎么回事？

UPDATE

感谢@GSee 的帮助。看来这实际上是一个开发工具问题。查看下面的交互式命令行代码。

加载test_package库后，foo正确运行：

> foo
function ()
{
    m <- data.table(c1 = c(1, 2, 3))
    print(is.data.table(m))
    m[, sum(c1)]
}
<environment: namespace:test_package>
> foo()
[1] TRUE
[1] 6

Running load_all()刹车食物：

> load_all()
Loading test_package
> foo()
[1] TRUE
Error in `[.data.frame`(x, i, j) : object 'c1' not found

Somehow source('R/foo.R')恢复 foo 功能：

> source('R/foo.R')
> foo
function() {
  m <- data.table(c1 = c(1,2,3))
  print(is.data.table(m))
  m[,sum(c1)]
}
> foo()
[1] TRUE
[1] 6

以及未来的电话load_all()不要打破foo again:

> load_all()
Loading test_package
> foo
function() {
  m <- data.table(c1 = c(1,2,3))
  print(is.data.table(m))
  m[,sum(c1)]
}
> foo()
[1] TRUE
[1] 6

另外，我更新到 devtools 1.5 并尝试添加.datatable.aware=TRUE，但这似乎没有做任何事情。

正如@GSee（在评论中）指出的那样，这个问题似乎是这个问题 https://github.com/hadley/devtools/issues/192 still.

为了查明包裹是否数据表感知, data.table调用函数cedta()，即：

> data.table:::cedta
function (n = 2L) 
{
    te = topenv(parent.frame(n))
    if (!isNamespace(te)) 
        return(TRUE)
    nsname = getNamespaceName(te)
    ans = nsname == "data.table" || "data.table" %chin% names(getNamespaceImports(te)) || 
        "data.table" %chin% tryCatch(get(".Depends", paste("package", 
            nsname, sep = ":"), inherits = FALSE), error = function(e) NULL) || 
        (nsname == "utils" && exists("debugger.look", parent.frame(n + 
            1L))) || nsname %chin% cedta.override || identical(TRUE, 
        tryCatch(get(".datatable.aware", asNamespace(nsname), 
            inherits = FALSE), error = function(e) NULL))
    if (!ans && getOption("datatable.verbose")) 
        cat("cedta decided '", nsname, "' wasn't data.table aware\n", 
            sep = "")
    ans
}
<bytecode: 0x7ff67b9ca190>
<environment: namespace:data.table>

这里的相关检查是：

"data.table" %chin% get(".Depends", paste("package", nsname, sep=":"), inherits=FALSE)

当一个包depends on data.table，上面的命令应该返回TRUE- 也就是说，如果您通过安装该软件包R CMD INSTALL然后加载包。这是因为，当您加载包时，R 默认情况下也会在命名空间中创建一个“.Depends”变量。如果你这样做：

ls("package:test", all=TRUE)
# [1] ".Depends" "foo"     

然而，当你这样做时devtools:::load_all()，这个变量好像没有设置。

# new session + set path to package's dir
devtools:::load_all()
ls("package:test", all=TRUE)
# [1] "foo"

So, cedta()不知道这个包确实depends on data.table。但是，当您手动设置.datatable.aware=TRUE，行：

identical(TRUE, get(".datatable.aware", asNamespace(nsname), inherits = FALSE))

被执行，这将返回 TRUE，从而解决这个问题。但事实是devtools没有放置.Depends包的命名空间中的变量仍然存在。

总而言之，这确实是not一个问题data.table.