将 rpy2 与 numpy.testing 一起使用时出现导入错误

2024-04-04

使用 numpy.testing 模块进行单元测试时,我遇到了一个相当奇怪的错误。我正在虚拟机中运行 iPython 笔记本。在我的代码中,我有一个测试,将我的输出与 R 中的输出进行比较。这需要我加载 rpy2 模块,如下所示:

import rpy2.robjects as robjects
from rpy2.robjects.packages import importr
fastclime = importr('fastclime')
grdevices = importr('grDevices')

然而当我跑步时! py.test,我收到以下错误:

====================================== 错误============ =======================

_____________________ ERROR collecting test_fastclime_R.py _____________________
test_fastclime_R.py:6: in <module>
    import rpy2.robjects as robjects
../../anaconda/lib/python2.7/site-packages/rpy2/robjects/__init__.py:15: in <module>
    import rpy2.rinterface as rinterface
../../anaconda/lib/python2.7/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:101: in <module>
    from rpy2.rinterface._rinterface import *
E   ImportError: /home/bitnami/anaconda/bin/../lib/libreadline.so.6: undefined symbol: PC
====================== 10 passed, 1 error in 0.19 seconds ======================

我怀疑这与某些环境变量未链接到我的工作目录有关,但我不知道如何修复它。任何建议将不胜感激!谢谢你!


解决办法是

1)删除__pycache__目录(如果创建了以前的版本)

2)在命令行中安装anaconda中的readline:conda install -c asmeurer readline

3).py文件里面包含import readline

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