R：从包中覆盖函数的正确方法是什么？

我使用的是 R 包，其中有 2 个函数 f1 和 f2 （其中 f2 调用 f1）
我想覆盖函数f1。

由于 R 2.15 和包中命名空间的强制使用，如果我只是获取新函数，它确实可以在全局环境中使用（即，只需在控制台中调用 f1(x) 即可返回新结果）。但是，调用 f2 仍将使用封装函数 f1。 （因为命名空间修改了搜索路径，并将其密封，如所解释的在编写 R 扩展中 http://cran.r-project.org/doc/manuals/r-release/R-exts.html#Package-namespaces教程）
用新的 f1 完全替换 f1 的正确方法是什么？ （除了重新构建包之外！）这在多种情况下很有用。例如，如果您尚未开发的软件包中存在错误。或者，如果您不想在软件包仍处于开发阶段时每天重新构建它们。

我了解功能

assignInNamespace("f1",f1,ns="mypackage")

不过，帮助页面?assignInNamespace有点神秘，似乎会阻止人们在不提供更多信息的情况下使用它，而且我在官方 CRAN 教程上找不到任何最佳实践建议。调用此函数后：

# Any of these 2 calls return the new function
mypackage::f1 
getFromNamespace(x = "f1", envir = as.environment("package:mypackage"))

# while this one still returns the old packaged version
getFunction(name = "f1", where = as.environment("package:mypackage")) 

这非常令人不安。搜索路径如何受到影响？

现在我正在做一些丑陋的事情，例如修改lockEnvironment函数使得library不锁定包名称空间，一旦替换了 f1，我可以在稍后阶段锁定它（这似乎确实不是一个好的做法）

所以基本上我有两个问题：

1. 到底是做什么的assignInNamespace对于包命名空间（应该被锁定）
2. 有哪些好的做法？

非常感谢您在那里分享您的经历。

编辑：对这个问题感兴趣的人可能会发现这篇博文 http://obeautifulcode.com/R/How-R-Searches-And-Finds-Stuff/非常有趣。

这里有很多不同的案例。

如果是其他人的包中的错误
那么最好的做法是联系包维护者并说服他们修复它。这样每个人都能得到修复，而不仅仅是你。

如果是开发自己的包时出现错误
然后您需要找到一个可以轻松重建包的工作流程。就像使用devtools打包并打字build(mypackage)，或单击按钮（RStudio 中的“构建并重新加载”；Architect 中的“R CMD 构建”）。

如果您只是想要与现有包不同的行为
如果这不是一个错误，或者包维护者不会进行您想要的修复，那么您将必须维护自己的副本f1。使用assignInNamespace在现有包中覆盖它对于探索来说是可以的，但它有点 hacky，所以它并不适合永久解决方案。

你最好的选择是创建你自己的包，其中包含f1 and f2。这比听起来要简单，因为您只需定义f2 <- existingpackage::f2.

回复评论：

如果您独自一人，第二种和第三种情况是有意义的，但它们需要构建和安装软件包，这对于我的组织来说很棘手，因为软件包部署在数十台计算机上，并且我需要 root 访问权限来更新软件包。

因此，获取现有包源的副本，应用补丁，并将其托管在公司网络、github 或 Bitbucket 上。然后可以通过以下方式以编程方式安装更新的包

install.packages("//some/network/path/mypackage_0.0-1.tar.gz", repos = NULL)

or

library(devtools)
install_github("mypackage", "mygithubusername")

由于安装只需一行代码，因此您可以轻松地将其推送到任意多台机器上。您也不需要 root 访问权限 - 只需将包安装到不需要 root 访问权限即可写入的库文件夹中。 （阅读Startup http://www.inside-r.org/r-doc/base/Startup and .lib路径 http://www.inside-r.org/r-doc/base/.libPaths有关如何定义新库的帮助页面。）您需要对这些计算机进行网络访问，但我无法帮助您。与您的网络管理员或老板或任何可以获得您许可的人联系。