我的 csv 文件中有一个大的（200 列/行）邻接矩阵。这详细说明了个体之间的互动。我想将此文件转换为边缘列表，可以手动完成，但需要大量时间。
下面显示了一小部分数据（第一个单元格是空格）：
A B C
A 0 0 1
B 0 0 1
C 1 0 0
我想把它改成这样：
A 1 C
B 1 C
C 1 A
这只是示例数据。本质上我想要的是绘制这些节点如何交互，并从中绘制这些交互的网络。我在 R 包 PCIT 中尝试了以下代码，但它返回错误：
install.packages("PCIT")
library(PCIT)
input=read.csv('mouse.csv',header=TRUE,row.names=1,check.names=FALSE)
setwd('/Users/Plosslab/Documents/PythonStuff')
getEdgeList(input, rm.zero=TRUE)
但我收到以下错误：
Error in structure(.Internal(as.vector(x, "double")), Csingle = TRUE) :
(list) object cannot be coerced to type 'double'
获取数据：
m <- as.matrix(read.table(text="
A B C D
A 0 0 0 1
B 0 0 1 0
C 1 0 0 1",
header=TRUE))
怎么样
w <- which(m==1,arr.ind=TRUE)
data.frame(r=rownames(m)[w[,"row"]],
i=1,
c=colnames(m)[w[,"col"]])
## r i c
## 1 C 1 A
## 2 B 1 C
## 3 A 1 D
## 4 C 1 D
（你关心顺序吗...？）
PCIT无论如何假设对称，所以这对你来说可能是个问题。
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