Biopython无法直接访问异质残基

我可以使用以下方法直接获取蛋白质 1n31 的残基：

residue = structure[0]['A'][100]

然而，当我尝试访问异质残基时，例如：

residue = structure[0]['A'][2003]

我收到错误消息：

File "<stdin>", line 1, in <module>

File "/home/azevedo/.local/lib/python3.5/site-packages/Bio/PDB/Chain.py", line 94, in __getitem__
return Entity.__getitem__(self, id)

File "/home/azevedo/.local/lib/python3.5/site-packages/Bio/PDB/Entity.py", line 41, in __getitem__
return self.child_dict[id]

关键错误：（''，2003，''）

为什么会发生这种情况？如何直接获取异质残基？

简短回答

structure[0]['A'][('H_CYS', 2003, ' ')]

会给你想要的残留物

<Residue CYS het=H_CYS resseq=2003 icode= >

BioPython 的 PDB 索引

BioPython 的 PDB 残留索引使用tuple内部。它由异源标记、序列标识符和插入代码组成。对于您的残基 1000，它将是 (' ', 100, ' ')，对于您的异质残基，它将是('H_CYS', 2003, ' ').

如果您仅提供一个整数作为索引，它将被转换为(' ', your_int, ' ').

代码可以在函数中找到_translate_id https://github.com/biopython/biopython/blob/master/Bio/PDB/Chain.py

通用解决方案

如果您事先不知道异质标志，您可以使用自己的函数

def get_residue_by_number(residues, number):
    for residue in residues:
        if residue.id[1] == number:
            return residue

get_residue_by_number(structure[0]['A'].get_residues(), 2003)

<Residue CYS het=H_CYS resseq=2003 icode= >

get_residue_by_number(structure[0]['A'].get_residues(), 100)

<Residue ASP het=  resseq=100 icode= >