我想反编译一个java程序并重新编译派生的（混淆的）源代码。我解压了 .jar 存档并得到了如下目录结构：
com/
com/foo/A/
com/foo/A/A.class
com/foo/A/B.Class
com/foo/B/A.class
...
com/foo/A.class
com/foo/B.class
org/foo/Bar.class
...
问题是包和类之间存在名称冲突，导致反编译后的类文件无法重新编译。
反编译后的类将如下所示：
package org.foo;
import com.foo.A; // <-- name collision error
class Bar {
...
}
有没有办法解决这些命名问题，而不重命名类文件？
编辑：
这不是反编译器问题，而是如何拥有一个包含违反命名约定的类的工作 .jar 文件的问题。
编辑2：
好吧，我想在字节码级别上这样的命名是可能的，因此使用更智能的反编译器（自动重命名类并修复它们的引用）这个问题可以解决。
您真的需要解压整个 jar 并重新编译所有内容吗？不要自行重新编译整个反编译源，而是使用原始 jar 作为类路径，并仅提取并重新编译那些需要修改的类。然后，当您需要打包重新编译的代码时，只需复制原始 jar 并使用 jar -uf 替换修改后的类文件即可：
jar -uf ./lib/copy_of_original_jar_file.jar -C ./bin com/foo/A.class com/foo/B.class [...]
...并且 ./lib/copy_of_original_jar_file.jar 成为您的新库。
有一点是肯定的，那就是原始 jar 必须与 Java 类加载器一起正常工作才能使程序运行。它对于编译一次性 .class 文件应该同样有效。
通过使用原始 jar，您应该会遇到更少的命名冲突问题，因为您保持了与正在运行的应用程序使用的相同的类路径扫描顺序。不仅如此，Java 反编译器并不完美。通过从重新编译中消除大部分反编译代码，您可以避免反编译器遇到的大多数问题，例如异常处理程序重叠、混淆符号中的特殊字符、变量范围问题等。
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