“以下对象被‘package:xxx’屏蔽”是什么意思?

2024-04-29

当我加载包时,我收到一条消息:

"The following object is masked from 'package:xxx'

例如,如果我加载testthat http://www.rdocumentation.org/packages/testthat then assertive http://www.rdocumentation.org/packages/assertive,我得到以下信息:

library(testthat)
library(assertive)  
## Attaching package: ‘assertive’
## 
## The following objects are masked from ‘package:testthat’:
## 
##     has_names, is_false, is_less_than, is_null, is_true

此消息是什么意思?我该如何防止它?


该消息意味着这两个包具有相同名称的函数。在这种特殊情况下,testthat and assertive包包含五个同名的函数。

当两个函数同名时,哪个函数会被调用?

R 将查看search http://www.rdocumentation.org/packages/base/topics/search查找函数的路径,并将使用它找到的第一个函数。

search()
 ##  [1] ".GlobalEnv"        "package:assertive" "package:testthat" 
 ##  [4] "tools:rstudio"     "package:stats"     "package:graphics" 
 ##  [7] "package:grDevices" "package:utils"     "package:datasets" 
 ## [10] "package:methods"   "Autoloads"         "package:base"

在这种情况下,由于assertive被加载后testthat,它出现在搜索路径的前面,因此将使用该包中的函数。

is_true
## function (x, .xname = get_name_in_parent(x)) 
## {
##     x <- coerce_to(x, "logical", .xname)
##     call_and_name(function(x) {
##         ok <- x & !is.na(x)
##         set_cause(ok, ifelse(is.na(x), "missing", "false"))
##     }, x)
## }
<bytecode: 0x0000000004fc9f10>
<environment: namespace:assertive.base>

中的函数testthat无法以通常方式访问;也就是说,他们已经masked.

如果我想使用屏蔽函数之一怎么办?

您可以在调用函数时使用双冒号运算符显式提供包名称,:: http://www.rdocumentation.org/packages/base/topics/ns-dblcolon。例如:

testthat::is_true
## function () 
## {
##     function(x) expect_true(x)
## }
## <environment: namespace:testthat>

如何抑制该消息?

如果您知道函数名称冲突,并且不想再次看到它,可以通过传递来抑制该消息warn.conflicts = FALSE to library http://www.rdocumentation.org/packages/base/topics/library.

library(testthat)
library(assertive, warn.conflicts = FALSE)
# No output this time

或者,使用以下命令抑制消息suppressPackageStartupMessages http://www.rdocumentation.org/packages/base/topics/message:

library(testthat)
suppressPackageStartupMessages(library(assertive))
# Also no output

R 的启动过程对函数屏蔽的影响

如果您更改了 R 的一些启动配置选项(请参阅?Startup)您可能会遇到与您预期不同的功能屏蔽行为。事情发生的精确顺序如下所示?Startup应该能解开大部分谜团。

例如,那里的文档说:

请注意,当站点和用户配置文件仅来源于 基础包已加载,因此其他包中的对象需要 由例如提及utils::dump.frames 或显式加载后 涉及的包裹。

这意味着当通过类似文件加载第 3 方包时.Rprofile您可能会看到这些包中的函数被默认包中的函数掩盖,例如stats,而不是相反,如果您在 R 的启动过程完成后加载了第 3 方包。

如何列出所有屏蔽函数?

首先,获取搜索路径上所有环境的特征向量。为了方便起见,我们将用其自己的值来命名该向量的每个元素。

library(dplyr)
envs <- search() %>% setNames(., .)

对于每个环境,获取导出的函数(和其他变量)。

fns <- lapply(envs, ls)

将其转换为数据框,以便于与 dplyr 一起使用。

fns_by_env <- data_frame(
  env = rep.int(names(fns), lengths(fns)),
  fn  = unlist(fns)
)

查找该对象多次出现的情况。

fns_by_env %>% 
  group_by(fn) %>% 
  tally() %>% 
  filter(n > 1) %>% 
  inner_join(fns_by_env)

要测试这一点,请尝试加载一些具有已知冲突的包(例如,Hmisc https://cran.r-project.org/web/packages/Hmisc, AnnotationDbi https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/AnnotationDbi.html).

如何防止名称冲突错误?

The conflicted每当您尝试使用名称不明确的变量时,程序包都会抛出错误并提供有用的错误消息。

library(conflicted)
library(Hmisc)
units
## Error: units found in 2 packages. You must indicate which one you want with ::
##  * Hmisc::units
##  * base::units
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