有没有办法“source()”并在错误后继续?

2024-05-02

我有一个大型 R 脚本,其中包含 142 个小部分。如果某一部分因错误而失败,我希望脚本继续而不是停止。这些部分不一定相互依赖,但有些部分确实相互依赖。如果中间的一个失败了也没关系。我不想在这个脚本中加入try()来电。而且我不想将文件分成许多较小的文件,因为每个部分都很短。

If source()可以像在 R 控制台上复制并粘贴一样工作,那就太好了。或者如果有一种方法可以将错误降级为警告,那也可以。

脚本运行后,我打算 grep(或类似)错误或警告文本的输出,以便我可以看到已发生的所有错误或警告,而不仅仅是它在第一个错误时停止。

我读了?source并搜索了 Stack Overflow 的 [R] 标签。我发现了以下类似的问题,但是try and tryCatch是否提供了答案:

R 脚本 - 如何在错误时继续执行代码 https://stackoverflow.com/questions/8852406/r-script-how-to-continue-code-execution-on-error
有没有办法让 R 脚本在收到错误消息后继续执行而不是停止执行? https://stackoverflow.com/questions/4359310/is-there-any-way-to-have-r-script-continue-after-receiving-error-messages-instea

我不是在寻找try or tryCatch由于上述原因。这不适用于 R 包测试,我了解 R 包测试框架以及许多测试框架try() or test_that()调用(或类似的)是完全合适的。这是为了其他事情,我有一个如上所述的脚本。

Thanks!


为了更具体地说明这一点,下面怎么样?

首先,为了测试该方法,创建一个文件(将其命名为"script.R")包含多个语句,其中第一个语句在计算时会抛出错误。

## script.R

rnorm("a")
x <- 1:10
y <- 2*x

然后将其解析为表达式列表,并依次评估每个元素,将评估包装在对tryCatch()这样错误就不会造成太大的损害:

ll <- parse(file = "script.R")

for (i in seq_along(ll)) {
    tryCatch(eval(ll[[i]]), 
             error = function(e) message("Oops!  ", as.character(e)))
}
# Oops!  Error in rnorm("a"): invalid arguments
# 
# Warning message:
# In rnorm("a") : NAs introduced by coercion
x
# [1]  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10
y
# [1]  2  4  6  8 10 12 14 16 18 20
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