我希望能够查看 coxme 包生成的 lmekin 对象的 p 值。
eg.
model= lmekin(formula = height ~ score + sex + age + (1 | IID), data = phenotype_df, varlist = kinship_matrix)
I tried:
summary(model)
coef(summary(model))
summary(model$coefficient$fixed)
fixef(model)/ sqrt(diag(vcov(model)) #(Calculates Z-scores but not p-values)
但这些都不起作用。那么如何查看这个线性混合模型的 p 值呢?
我花了很长时间才找到这个问题,但我注意到很多其他类似的问题没有正确的答案,所以我想回答这个问题。
You use:
library(coxme)
print(model)
- 请注意,提前加载 coxme 包非常重要,否则它将无法工作。
我还注意到很多关于如何从中提取 p 值的帖子lmekin
对象,或者一般如何从 coxme 对象中提取 p 值。我写了这个函数,它是基于coxme:::print.coxme
功能代码(查看代码类型coxme:::print.coxme
直接进入R)。print
动态计算 p 值 - 此函数允许提取 p 值并将其保存到对象中。
注意mod
是你的模型,例如mod <- lmekin(y~x+a+b)
Use print(mod)
仔细检查表格是否匹配。
extract_coxme_table <- function (mod){
beta <- mod$coefficients$fixed
nvar <- length(beta)
nfrail <- nrow(mod$var) - nvar
se <- sqrt(diag(mod$var)[nfrail + 1:nvar])
z<- round(beta/se, 2)
p<- signif(1 - pchisq((beta/se)^2, 1), 2)
table=data.frame(cbind(beta,se,z,p))
return(table)
}
本文内容由网友自发贡献,版权归原作者所有,本站不承担相应法律责任。如您发现有涉嫌抄袭侵权的内容,请联系:hwhale#tublm.com(使用前将#替换为@)