对象对于所需数组来说太深 - scipy.integrate.odeint

我昨天刚开始使用Python，使用时遇到错误scipy.integrate.odeint.

我定义了一个函数

def SIR(x, t, beta, gamma, mu, M):

这需要numpy.array物体x, t, and M;标量浮动beta, gamma, and mu.

M is (60,60)大小，但我认为这并不重要。

x and t都是非单例的，有x.shape being (180,) and t.shape being (5000,)。我尝试给它们一个单一的维度，这样它们就有形状(180,1) and (5000,1)分别，但我仍然得到相同的错误：

In [1]: run measles_age.py
---------------------------------------------------------------------------
ValueError                                Traceback (most recent call last)
/Library/Frameworks/EPD64.framework/Versions/7.3/lib/python2.7/site-packages/IPython/utils/py3compat.py in execfile(fname, *where)
    173             else:
    174                 filename = fname
--> 175             __builtin__.execfile(filename, *where)

/Users/qcaudron/Documents/SIR/measles_age.py in <module>()
    111 
    112 
--> 113         x = integrate.odeint(SIR, x0, t, args=(beta, gamma, mu, M));
    114 
    115 #       plot(t, x);


/Library/Frameworks/EPD64.framework/Versions/7.3/lib/python2.7/site-packages/scipy/integrate/odepack.py in odeint(func, y0, t, args, Dfun, col_deriv, full_output, ml, mu, rtol, atol, tcrit, h0, hmax, hmin, ixpr, mxstep, mxhnil, mxordn, mxords, printmessg)
    141     output = _odepack.odeint(func, y0, t, args, Dfun, col_deriv, ml, mu,
    142                              full_output, rtol, atol, tcrit, h0, hmax, hmin,
--> 143                              ixpr, mxstep, mxhnil, mxordn, mxords)
    144     if output[-1] < 0:
    145         print _msgs[output[-1]]

即使在以下情况下我也会收到此错误SIR刚刚返回x，如果我剥离除以下之外的所有参数x and t从中 ：

def SIR(x, t):
    return x;

如您所见，导致错误的行是

x = integrate.odeint(SIR, x0, t, args=(beta, gamma, mu, M));

EDIT :

我被要求添加完整的代码SIR方法。因为它相对较长，所以我将完整的 .py 脚本放入 Pastebin 中：http://pastebin.com/RphJbCHN http://pastebin.com/RphJbCHN

再次感谢。

我可以通过多种方式重现您的错误。

如果出现以下任一情况，则会立即发生错误y0论证或t论证odeint不是一维数组。在pastebin上发布的代码示例中（在评论中引用），t被重塑如下：

t = np.arange(0, 520, 1);
t = t.reshape(len(t),1);

删除重塑形状的线t. t必须是一维数组，而不是形状为 (len(t), 1) 的二维数组。

例如...

In [177]: def SIR(x, t):
   .....:     return x
   .....: 

这有效...

In [178]: x0 = [0.1, 0.2]

In [179]: odeint(SIR, x0, t=[0, 0.5, 1])
Out[179]: 
array([[ 0.1       ,  0.2       ],
       [ 0.16487213,  0.32974426],
       [ 0.27182822,  0.54365643]])

这会导致错误：

In [180]: x0 = [[0.1, 0.2]]  # wrong shape

In [181]: odeint(SIR, x0, t=[0, 0.5, 1])
---------------------------------------------------------------------------
ValueError                                Traceback (most recent call last)
<ipython-input-181-a37878f92395> in <module>()
----> 1 odeint(SIR, x0, t=[0, 0.5, 1])

/home/warren/anaconda/lib/python2.7/site-packages/scipy/integrate/odepack.pyc in odeint(func, y0, t, args, Dfun, col_deriv, full_output, ml, mu, rtol, atol, tcrit, h0, hmax, hmin, ixpr, mxstep, mxhnil, mxordn, mxords, printmessg)
    142     output = _odepack.odeint(func, y0, t, args, Dfun, col_deriv, ml, mu,
    143                              full_output, rtol, atol, tcrit, h0, hmax, hmin,
--> 144                              ixpr, mxstep, mxhnil, mxordn, mxords)
    145     if output[-1] < 0:
    146         print _msgs[output[-1]]

ValueError: object too deep for desired array

检查您给出的初始条件odeint（第二个参数）是1-Dnumpy 数组（不是形状为 (1, 180) 或 (180, 1) 的二维数组）。

如果出现以下情况，我还会收到“对象太深...”错误SIR returns形状错误的数组。它必须返回一个1-D数组，其形状与其第一个参数相同。确保它是真正的一维，而不是形状为 (1, 180) 或 (180, 1) 的二维。