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将树形图导出为 R 中的表格
我想将 hclust dendrogram 从 R 导出到数据表中 以便随后将其导入到另一个 自制 软件中 str unclass fit 提供了树状图的文本概述 但我正在寻找的实际上是一个数字表 我查看了 Bioconductor ctc
r
clusteranalysis
dendrogram
hclust
来自多个 hclust 对象的共识树或“引导比例”
我有一个由一个变量的轻微变化产生的 hclust 对象列表 用于计算距离矩阵 现在我想从这个列表中建立一个共识树 有通用包可以做到这一点吗 我正在破解我的出路 maanova 的一些代码似乎可以工作 但它很丑陋而且它 需要大量的黑客工作 因
r
dendrogram
hclust
R 中带标签的水平树状图
我正在尝试从hclust函数输出 我希望树状图是水平排列的 而不是默认的 可以通过 例如 获得 require graphics hc lt hclust dist USArrests ave plot hc 我尝试使用as dendrog
r
dendrogram
hclust
仅将 hclust 绘制到切割的簇,而不是每个叶子
我有一个包含近 2000 个样本的 hclust 树 我已将其切割成适当数量的簇 并希望绘制树状图 但以我切割簇的高度结束 而不是一直切割到每片叶子 每个绘图指南都是关于按簇为所有叶子着色或绘制一个盒子 但似乎没有什么可以完全保留切割线下方
r
plot
dendrogram
hclust
有没有办法在热图中保留聚类但减少观察数量?
我的数据集包含 20 列 90 个观察值 行 我生成了一个非常简洁的热图 它使用 pheatmap 包将我的数据分为两组 虽然它并不完全干净 但树状图的两个簇几乎根据我的条件将我的样本分为两个不同的组 现在我想将这组 90 个观察值减少到大
r
permutation
hclust
pheatmap
R 中水平树状图的树切割和簇周围的矩形
我正在尝试绘制层次聚类的结果R作为树状图 用矩形标识簇 以下代码适用于垂直树状图 但对于水平树状图 horiz TRUE 则不绘制矩形 有什么方法可以对水平树状图做同样的事情吗 library cluster dst lt daisy ir
r
dendrogram
hclust
ggdendro
dendextend